【伯克利博士论文】网络优化算法及其在分子生物学中的应用
来源:专知本文为论文介绍,建议阅读5分钟在本论文中,作者将分子生物学中的几个问题抽象为网络优化算法。
在本论文中,我将分子生物学中的几个问题抽象为网络优化算法。
https://www2.eecs.berkeley.edu/Pubs/TechRpts/2022/EECS-2022-262.html
在本文的第一章中,我考虑了我们的第一类网络问题——已知动态网络中的子网优化。在这些情况下,我引入了条件网络和时间条件网络的概念,其中网络可以随时间动态变化(即顶点或边)。在第一组问题中,我们的目标是找到一个代价最小的全局子网络,它满足所有条件下的局部连通性需求。在第二组问题中,我考虑优化从时间点$t_1$的源节点$a$开始,到时间点$t_2$的目标节点$b$结束的单一遍历请求,同时保持随时间变化的一致性。最后,我利用这些框架来研究Th17细胞中的信号转导,目的是找到与IL23受体信号传递有关的新的下游蛋白。
在本文的第二章中,我考虑了CRISPR/Cas9模型中的谱系追踪问题——给定一组通过CRISPR/Cas9谱系追踪生成的终端节点或细胞,哪棵树最能代表真实生成过程。特别地,我将介绍两种用于此分析的方法——贪婪方法和精确整数线性规划方法。然后我通过模拟和体外生成的地面真值树来测试这些方法。最后,我退一步考虑我们的框架的理论保障。也就是说,我探索了模型中字符数量/剪切位点与最小细胞分裂次数、细胞数量和剪切率等变量之间的关系。特别是,在给定关于实验设置的完美知识的情况下,我推导出精确重建所需的字符数量的上限。
在本论文的第三章和最后一章,我考虑使用网络流抽象来估计细胞内的代谢活动。鉴于代谢和免疫功能之间的关系,我们的目标成为发现Th17细胞内的组织特异性代谢程序。为了实现这一目标,我利用通量平衡分析方法来估计从不同组织的小鼠中收集的Th17细胞内的网络代谢通量,由此我发现了一个新的肠道特异性代谢目标,负责调节效应因子样功能和稳态。
相关文章
- 深度学习经典算法 | 粒子群算法详解
- 构造哈夫曼树的算法_哈夫曼树的应用数据结构
- 【2022新书】基于脑-机接口的深度学习:表示、算法和应用
- (附下载)343页经典书籍《算法之道(第二版)》
- 模2除法(CRC校验码计算)_crc校验模二算法
- 算法学习–分酒问题(BFS)[通俗易懂]
- 趣味算法-04-跟着作者读《趣味算法(第2版)》-贪心算法
- C语言 排序算法_C语言中三大经典的排序算法
- RSA数据加解密算法
- 详解BFS,Dijkstra算法,Floyd算法是如何解决最短路径问题的
- Union Find 并查集算法原理及应用
- 小小码民刷算法——反转字符串
- [nature communications | 论文简读] scGCN:单细胞组学中知识转移的图卷积网络算法
- 内置AI算法的智能分析网关,如何将智能识别技术应用到生活场景中?
- 使用PyTorch实现简单的AlphaZero的算法(1):背景和介绍
- 基于文心大模型套件ERNIEKit实现文本匹配算法,模块化方便应用落地
- Redis高可用高性能缓存的应用系列04 - Cluster模式,集群数据分布算法
- 为什么说监控软件中应用弗洛伊德算法是更加有效的
- 视觉SLAM:模型介绍、算法框架及应用场景
- 算法-序列化二叉树详解编程语言
- C++ stable_sort(STL stable_sort)排序算法详解
- 半监督组稀疏表示:模型、算法与应用(ECAI 2016论文精选)| AI科技评论
- MySQL中位取反教程详解算法步骤及应用方法(mysql中位取反怎么算)
- MySQL中的哈希算法简介与应用(mysql中hash)
- Oracle数据库应用MD5加密算法加固安全(oracle md5算法)