生信技能树学习笔记 Day 2
2023-06-13 09:16:56 时间
ggplot2参数设定
① 形状(shape)标识选择
② color & fill 区分:color指边框颜色,fill指内容物颜色,如果二者颜色不一致,color和fill都要写
③ 分面:指按照数据的某一列把数据分成几张子图
...+facet_wrap(~species) #分面函数 ~指根据~后的列进行分面
用来分面的列,必须是分类型变量(变量之间没有大小关系),取值数量是有限的
...+facet_grid(Group~species) #分面函数 横按照Group切分,竖着按照Species
sample() #随机抽样
sample(letters[1:5], 4) #随机表现在重复运行出的结果每次顺序都不一致
[1] "d" "b" "a" "c"
PS: 好习惯养成,内置数据使用的时候赋值给一个新的变量,尽量不要直接在数据上修改
④ 局部设定 & 全局设定
geom_开头是几何对象函数
stat_开头是统计变换函数
+geom_bar(mapping = aes(x,y), stat='identity) #stat标识我不需要函数自带的运算功能,我自己提供y
ggplot(diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))
Tips:
+theme_classic() #去除背景
+theme_bw() #带格子
⑤图片保存
ggsave('xxx.png') #导出画板中的图片
ggsave(p1, filename = 'xxx.png') #导出赋值的图片
pdf('xx.pdf')——绘图——dev.off() #关闭画板并保存图片
如果代码可以运行但是不出图,可能是因为画板被占用,可以多次dev.off()关闭画板
如果还是不行,可以dev.new()开启新的画板,如果还是不行可以重启R studio & 电脑
⑥神器eoffice导出
library(eoffice)
topptx(p, 'xxx.pptx') #导出的图片可以通过取消组合来局部修改
#注意元素个数不能过多
7️⃣ 一个好用的箱式图 #从帮助文档可以直接复制代码
library('ggstatsplot')
ggbetweenstats(morley, x= Expt,y= Speed,type = "robust", xlab="The experiment number",ylab= "Speed-of-light measurement",outlier.tagging = TRUE,outlier.label= Run)
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