scanpy包的预处理函数学习
2023-09-14 09:11:21 时间
1.sc.pp.normalize_per_cell()
https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/api/scanpy.pp.normalize_per_cell.html
Normalize each cell by total counts over all genes, so that every cell has the same total count after normalization.
默认情况下是选择所有cell的UMI的中值作为所有的细胞细胞normalize之后的统一的结果。
2.sc.pp.log1p()
https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/api/scanpy.pp.log1p.html
简单地取log(x+1)。
3.sc.pp.scale()
https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/api/scanpy.pp.scale.html
均值为0,方差为1。
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