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SNP在染色体上的分布图怎么做？代码搞定

2023-02-18 16:28:21 时间

大家好，我是飞哥，今天星球内有人问SNP密度图的绘制，今天分享一篇博客，介绍一下这种图的绘制方法。

本文绘制这种图：

每个SNP在染色体上的分布图，也称为SNP密度图，不同的颜色表示1Mb内包含的SNP个数。

用到的R包CMplot

安装方法：

install.packages("CMplot")

数据格式

plink的map格式：

1 1_320344 0 320344
1 1_342499 0 342499
1 1_509942 0 509942
1 1_538165 0 538165
1 1_565638 0 565638
1 1_612572 0 612572
1 1_722644 0 722644
1 1_791066 0 791066
1 1_813662 0 813662
1 1_865366 0 865366

也可以只包括三列数据：

  • 染色体
  • SNP名称
  • 物理位置

代码 

library(data.table)
library(CMplot)
map1 = fread("re1.map",header = F)
head(map1)

mm = map1 %>% dplyr::select(SNP = 2,Chromosome=1,Position = 4)
head(mm)

CMplot(mm,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),
       file="tiff",memo="",dpi=300,file.output=TRUE, verbose=TRUE)

CMplot(mm,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),
       file="tiff",memo="",dpi=300,file.output=FALSE, verbose=TRUE)

结果

很简单有没有！！！

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