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Linux上安装BLAST:快速、容易、便捷(Linux安装blast)

Linux安装 快速 便捷 容易 blast
2023-06-13 09:14:10 时间

Linux上安装BLAST:快速、容易、便捷

BLAST(快速最佳搜索工具)是一款用于生物序列比对的非常有用的应用程序。安装BLAST有助于用户更加快速、容易、便捷地访问和比较生物信息。它可以帮助用户以更快的速度找到某一特定序列,从而发现分析DNA、RNA和蛋白质等生物学数据,简化了分析流程并加快分析结果的获得。

在Linux上安装BLAST过程非常简单,不需要复杂的设置,只需要下载并安装BLAST的源代码即可;基本的安装过程可以简单概括如下:

1.下载BLAST源代码:

wget http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.10.0/ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz

2.解压源代码:

tar -zxvf ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz

3.进入解压后的路径:

cd ncbi-blast-2.10.0+-src

4.编译:

./configure

make

make install

完成后,只需在终端中输入以下命令即可打开BLAST:

`bash

blastn -help


安装完成后,建议用户配置一个blast运行环境,让它可以从任何路径访问,可以在~/.bashrc文件中加入一行:
```bashexport PATH=$PATH:/usr/local/ncbi/blast/bin

上面的步骤可以让用户在Linux上更加快速、容易、便捷地安装BLAST,Linux上BLAST应用也会变得更加便捷,同时也有助于用户发现并分析生物学信息。


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