单细胞文献第一站:甲状腺癌
甲状腺癌
[1] 罗晗:甲状腺癌去分化的整合分析研究 (koushare.com)
https://www.koushare.com/video/videodetail/23300
[2] 文献:Characterizing dedifferentiation of thyroid cancer by integrated analysis (nih.gov), IF=14.39
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8318367/
前言
疾病:甲状腺癌
类别:PTC 、ATC
临床特征
研究背景
因此作者从单细胞测序角度,研究PTC到ATC的分子进化轨迹,并确定关键基因
结果
通过scRNA-seq和WES对一名PTC患者的PTC/ATC肿瘤和正常甲状腺组织进行了临床注释。得到46,205个单细胞的转录组,并进行了差异基因表达分析以鉴定簇特异性标记
结果:PTC细胞进一步分为两个主要簇(称为PTC1和PTC2)(图 1B),由差异表达基因 (DEGs) 亚群鉴定,包括 NEAT1、SLC34A2、S100A13 和 MDK (图 1、D 和 E),提示PTC细胞的异质性。
重聚类
为了深入了解PTC向ATC的细胞进展,我们首先将PTC细胞分为
- PTC来源的PTC细胞(pPTC)
- ATC来源的PTC细胞(aPTC)
为了探索不同PTC细胞的不同特征,我们对所有PTC细胞进行了亚聚集分析,并确定了10个亚聚集(图 2B).
结果:大多数aPTC细胞聚集在亚群10(图 2B),PTC2细胞聚集在亚群6(图 6)。因此表明,aPTC细胞是PTC1的一个独特亚群。
细胞轨迹分析
左边框框部分,蓝色为PTC细胞,绿色为ATC细胞,中间夹着着aPTC细胞,证明此细胞在ATC疾病进展发挥重要作用
CNA分析
接下来从这类特殊细胞中找关键基因
aPTC细胞虽然CNA负荷没有很高,但与ATC细胞总体趋势是一样的
确定关键的区段
确定关键的区段。在这区段中,逐渐发展到ATC,并且基因表达量也上升
转录因子分析
因为是整个区段即包含很多基因发生变化,那肯定不是作用于下游某个分子导致结果。猜测是上游类似转录因子的变化,带动下游大幅度改变
锁定了转录因子CREB3L1,证据如下:
免疫组化
ChIP-seq验证下游基因
富集到两个通路和上面单细胞得到的结果吻合
TCGA验证
临床预后效应
最终还是要回到预后效应,看是否能对患者进行精准分层