day2-白雪
操作流程引用于生信星球
Linux
Linux是什么
1，是个操作系统，与windows和Mac是一样的，并且开源免费，安全。
2，支持很多用户同时使用，且互不干扰
3，完全靠输命令行来控制
4，Linux不分各种磁盘，文件系统呈现树状，系统目录无法使用，主要可用的是home文件夹
为什么一定要用Linux学生信
1，因为生物软件基于linux，命令行模式可以批量、高效地处理文件，换成windows无法实现
怎样零成本召唤linux
1，（划重点）双系统不可取，占地方
2， win10 内置了Linxu而且并非“虚拟化”，也就是说这是一个原生运行在 windows10 上的子系统，可以去应用商店下载
设置-更新和安全-针对开发人员-启用开发人员模式
具体操作见启用windows的Linux
1,设置-更新和安全-开发者选项-启用开发人员模式
2，控制面板（win+r后输入control）-程序-启用或关闭windows功能-适用于Linux的windows子系统!（选中，会让你重新启动电脑，注意保存文件啥的）
3，直接网页搜索微软官方应用，搜索ubuntu,会显示让你从microsoft store中获取，选择这个，开始下载
适用于 Linux 的 Windows 子系统现已在 Microsoft Store 中可用!
你可以通过运行“wsl.exe --update”或通过访问 https://aka.ms/wslstorepage 进行升级
从 Microsoft Store 安装 WSL 将可以更快地获取最新的 WSL 更新。
有关详细信息，请访问 https://aka.ms/wslstoreinfo
To run a command as administrator (user "root"), use "sudo <command>".
See "man sudo_root" for details.
Welcome to Ubuntu 22.04.1 LTS (GNU/Linux 4.4.0-19041-Microsoft x86_64)
* Documentation: https://help.ubuntu.com
* Management: https://landscape.canonical.com
* Support: https://ubuntu.com/advantage
This message is shown once a day. To disable it please create the
/home/structure/.hushlogin file.4,更新，
sudo apt updatesudo 代表管理员，apt相当于install（安装）
之后输入
sudo apt upgrade会出现
Do you want to continue? [Y/n] Y选择Y然后回车
完成
之后打开Ubuntu，可以在左下角直接输入，进入即可
必修课
1，windows用户先下载一个xshell软件，操作流程
2，登录，打开xshell，直接输入ssh（有个空格）用户名@ip地址，例如ssh bio03@120.110.xxx，然后弹出一个弹框让你输密码，直接输密码
必修课代码学习
1，pwd，也就是显示当前路径
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ pwd
/home/bio02 #当前路径（#注释内容）2，mkdir ：make directory-- 创建你的空目录
mkdir biosoft #存放生信软件（注释内容）
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码输入代码后无明显反映
3 ,ls 显示列表，不管是目录还是文件，都能显示
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ ls
biosoft project src tmp刚才创建的空目录已经显示
4，删除命令，根据删除对象不同，命令有所不同。
删除的操作对象分为三类：普通文件、空目录、有内容的目录。他们的对应的命令是略有不同的。
（1）删除文件--rm
（2）删除空目录--rmdir
（3）删除非空目录--rm -r
引用于微信公众号生信星球。
示例如下
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ mkdir 1
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ ls
1 biosoft project src tmp
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ rmdir 1
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ ls
biosoft project src tmp
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ 注意命令后加空格
还有一个可怕的命令，管理员千万不能输入rm-rf /，-r 递归，多级目录一并删除 -f 强制删除，不用任何提示，不是管理员不会成功
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ rm-rf / #f和/之间有空格
rm-rf: command not found5，cd,接一个目录名，表示进入该目录
cd -返回刚才的目录
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ cd tmp
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ 进入到tmp中了
查看路径
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ pwd
/home/bio02/tmp返回上一级
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cd -
/home/bio02
bio02@VM-0-6-ubuntu:~$ ^C练习
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ touch 1.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
1.txt rmtext
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ rm 1.text
rm: cannot remove '1.text': No such file or directory
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ rm 1.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
rmtext
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cd rmtext
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/rmtext$ touch 1.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/rmtext$ ls
1.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/rmtext$ cd -
/home/bio02/tmp
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ mkdir kk
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
kk rmtext
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cd kk
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/kk$ touch 2.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/kk$ ls
2.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/kk$ cd -
/home/bio02/tmp
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cd rmtext
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/rmtext$ ls
1.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/rmtext$ rm 1.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/rmtext$ ls
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp/rmtext$ cd -
/home/bio02/tmp
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ rmdir kk
rmdir: failed to remove 'kk': Directory not empty
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ rm -r kk
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
rmtext
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ rmdir rmtext
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls6, vi 新建脚本或者文本文档（vi是linux中的文本编辑器）
引用于微信公众号生信星球
cd tmp
vi hello_world.txt
#先保证电脑切换到了英文输入法，然后敲i键，就可以输入了
#写下你的感悟～几行简短的英文
# 按Esc键 #退出编辑模式
:x #在左下角输入，意思是保存并退出按照这个步骤操作了一遍
7
cat接文本文件的名字，查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕。要退出cat，是摁一下q
head 接文本文件名，默认输出前10行，tail 接文本文件名，默认输出后10行，后面加上-n 自定义输出几行
例如：head -n 3 hello_world.txt 【注意-n与head之间有空格，-n和3之间空格可有可无】
练习
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
1.txt hello_word.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ vi 1.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cat 1.txt
iashd
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cat hello_word.txt
easy
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ 8 cp 意为复制文件
使用：cp file1 file2
就是复制file1，命名为file2的意思。
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cp 1.txt 2.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
1.txt 2.txt hello_word.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ cp 1.txt new_file.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
1.txt 2.txt hello_word.txt new_file.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ 9 mv 将文件移入文件夹，或者重命名
使用：mv file 路径是移动file到某路径下
使用：mv file1 file2是将file1重命名为file2
小技巧：用tab键（键盘上q前面那个）可以补齐命令和文件名称，比如你想写huahua.txt，可以打出hua，按tab键，只要文件在当前目录下，文件名称就是可以自动补齐的，可避免代码拼写错误。
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ mv new_file.txt home.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
1.txt 2.txt hello_word.txt home.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ mv home.txt ~
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ ls
1.txt 2.txt hello_word.txt
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$