MultiQC的使用
使用
2023-06-13 09:16:50 时间
全文共1072字,预计阅览时间3分钟。
今天来讲讲MultiQC这个软件。
https://multiqc.info/
什么是MultiQC
官网的解释是
Aggregate results from bioinformatics analyses across many samples into a single report.MultiQC searches a given directory for analysis logs and compiles a HTML report.
即整合生信分析的结果为一个可视化的HTML(网页)交互式报告。
官网的示例数据
目前支持如Fastp、FastQC、HISAT2、Trimmomatic、STAR、TopHat等111个生物信息学软件,分为Pre-alignment(比对前)、Alignment(比对)和Post-alignment(比对后)三类。
Supported Tools
优点
- 可以整合多个结果为一个HTML网页交互式报告
- 支持对大量软件的结果进行处理
- 支持对多种类型结果的查看
MultiQC的安装
conda install multiqc -y
MultiQC的使用
MultiQC可以对单个/多个目录的结果进行统计,也可以对指定文件/目录以外的文件进行统计。
基本用法: multiqc [OPTIONS] analysis directory
常用Options:
- -f, --force:重写已存在的报告
- -s, --fullnames:保留样本全名
- -n, --filename TEXT:对报告和文件的前缀重命名(后缀为_data和.html)
- -o, --outdir TEXT:指定输出目录
- -l, --file-list:提供文件列表
- -p, --export:将报告中的图导出为静态图
- --pdf:生成PDF报告(需要安装Pandoc)
- --profile-runtime:生成报告花费多少时间
示例
命令执行完毕后会得到一个html报告(可通过浏览器直接打开)和一个multiqc_data文件夹(包含数据基本的统计信息和日志文档)。
multiqc_data
接下来的几期将会依次详细的解读MultiQC对多个软件处理的结果,并收录进话题“MultiQC结果解读”,敬请期待。
点击下方阅读原文即可跳转MultiQC官网~
参考资料:
- https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7412764.html
- https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020
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