跟着Nature学作图:R语言ggplot2分组折线图完整示例(Extended Fig2)
语言 示例 完整 分组 Nature ggplot2 跟着 作图
2023-06-13 09:16:32 时间
论文
A saturated map of common genetic variants associated with human height
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-y
s41586-022-05275-y.pdf
代码没有公开,但是作图数据基本都公开了,争取把每个图都重复一遍
今天的推文重复论文中的extended Figure2 分组折线图
image.png
示例数据集
image.png
作图代码
library(readxl)
dat01<-read_excel("extendFig2.xlsx",
skip = 1)
dat01
colnames(dat01)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(ggh4x)
dat01 %>%
pivot_longer(-`Distance to closest EUR COJO SNP (kb)`) %>%
mutate(name=factor(name,
levels = c("AFR","EAS","SAS","HIS"))) %>%
ggplot(aes(x=`Distance to closest EUR COJO SNP (kb)`,
y=value))+
geom_line(aes(color=name))+
theme_classic()+
scale_y_continuous(limits = c(0,1),
breaks = seq(0,1,0.2))+
guides(x=guide_axis_truncated(trunc_lower = 0,
trunc_upper = 200),
y=guide_axis_truncated(trunc_lower = 0,
trunc_upper = 1))+
labs(y="Proportion of non-EUR COJO SNPs")+
scale_color_manual(name="Median distance",
labels=c("AFR"="AFR: 9.2 kb",
"EAS"="EAS: 10.3 kb",
"SAS"="SAS: 9.7 kb",
"HIS"="HIS: 9.7kb"),
values=c("AFR"="#288aec",
"EAS"="#ef806b",
"SAS"="#f091f1",
"HIS"="#daad50"))+
geom_segment(data=data.frame(y=seq(0,1,0.1),
yend=seq(0,1,0.1)),
aes(x=-Inf,xend=Inf,
y=y,
yend=yend),
lty="dashed",
color="gray")+
geom_vline(xintercept = 100,color="gray")+
theme(legend.position = c(0.8,0.4))
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