生信学习小组Day3笔记—Chocolate Ice
Linux的应用商店—CONDA
在Linux系统如何下载数据分析所需要的软件?答案:用conda。
conda最Linux系统方便快捷的软件下载器,没有之一。它的作用就相当于App store,90%以上的软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可 ------微信公众号:生信星球
Conda的下载
- Being/Google搜索“miniconda 清华”
miniconda搜索界面 - 进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,可以看到linux下面有64位和32位两种版本
miniconda下载链接 下载界面 - 进入linux查看服务器是多少位的:输入命令
uname -a
- 按照服务器位数安装最新版本(Linux-x86_64/Linux-x86_32)
- 复制下载链接
- 登录服务器,建立并进入“biosoft”目录,输入命令:
wget 刚才复制的下载链接
注意: 【for Windows】 请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了,选中,鼠标左键点一下是复制,右键点一下是粘贴;
【for Mac】直接cmd + c 复制,cmd + v粘贴 补充说明: sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本,如果你安装失败了,这个脚本是不需要重新下载的,还是可以用的。undefined ------微信公众号:生信星球
Miniconda的安装
- 输入命令:
bash Miniconda3-py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh
- 安装过程中跳出版权信息就按回车跳过,跳出【yes/no】就输入yes
- 跳出“Thank you for installing Miniconda3!”说明安装成功
安装成功! 可以看到此时home目录下多了“miniconda3”目录 - 激活: 输入命令:
source ~/ .bashrc
来激活conda
如果不成功就将miniconda3这个目录删除,还记得删除文件夹怎么做吧? 然后从“怎么安装miniconda”开始重来!! 注意不要删除安装包哈(.sh文件),要不还得浪费时间在下载上。 ------微信公众号:生信星球
使用Conda下载软件
- 添加镜像:为了加快下载速度
所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。conda也是舶来品,之前我们一直在用的国内镜像中科大和清华被列为无授权镜像,又经历了改用官方镜像的尴尬,但后来又传来了好消息,清华源重启 ------微信公众号:生信星球
复制并使用下列代码
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
- 使用conda
- 查看当前服务器上已安装的所有软件列表
conda list
- 安装软件
conda install fastqc -y
【-y 代表安装过程所有问题均回答yes】,安装默认最新版本,若要指定软件版本,可用conda install fastqc=0.11.7 -y
- 确认fastqc软件安装成功:输入
fastqc --help
,若出现大片帮助文档,说明安装成功 - 卸载软件:
conda remove fastqc -y
- 查看当前服务器上已安装的所有软件列表
Conda的环境
生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办? --别想了,办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。------微信公众号:生物星球
- 先查看当前的conda有哪些环境
conda info --envs
(带*的表示默认环境) - 比如我们要处理转录组数据了,好,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
完成后,会在~/miniconda3目录下新出现一个“envs”目录,存放着新安装的环境目录。 - 创建完后,再次查看conda环境
conda info --envs
- 为了把环境转换到rna-seq,我们需要激活该conda环境
conda activate rna-seq
image.png - 若要退出该环境,运行
conda deactivate
,即可退回基础环境(base)
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