1.什么是Linux?

• Linux是一个操作系统（OS），开源、免费、稳定、安全，区别于windows和mac的图形界面，linux的操作靠命令行来实现，因此深受广大生信研究者的喜爱。

目录与路径概念在Linux系统中很重要。Linux中的目录相当于windows的文件夹，而路径就是目录的层级位置，比如，home目录下有个biosoft，那么biosoft的路径就是/home/biosoft。 ------微信公众号：生信星球

2.召唤Linux和登录服务器

(1) 个人电脑

• Windows
  1. 设置-更新和安全-针对开发人员-启用开发人员模式
  2. 控制面板-控制面板-程序-启用或关闭windows功能-适用于Linux的windows子系统
  3. 重启电脑
  4. 下载ubuntu
  5. 启动ubuntu 和用户设置
  6. 更新：输入sudo apt update，完成后输入sudo apt upgrade
• Mac 自带terminal，可以直接使用；或者使用界面更好看的iterms (2)本地服务器 实验室有条件的可以直接使用 (3)云服务器
• Windows: 下载Xshell，操作流程见https://www.jianshu.com/p/8a340b103a41
• Mac：在terminal页面操作：输入“ssh 用户名@ip地址”

3.Linux的基本操作

用tab键（键盘上q前面那个）可以补齐命令和文件名称，比如你想写huahua.txt，可以打出hua，按tab键，只要文件在当前目录下，文件名称就是可以自动补齐的，可避免代码拼写错误。------微信公众号：生信星球

1. pwd：print working directory 作用：显示当前路径 示例：
2. mkdir：make directory 作用：创建你的空目录 示例：
3. ls 作用：显示列表 示例：
4. rm 作用：删除文件为rm，删除空目录为rmdir，删除非空目录为rm -r。 示例：
5. cd 作用：cd接一个目录名，表示进入该目录。cd -表示返回刚才目录。cd或cd ~表示返回主目录。 示例：
6. vi 作用：新建脚本或者文本文档 （1）vi aa.txt：新建名为aa的文本文档，并打开编辑 （2）输入英文i，开始写下具体文本 （3）按Esc键退出编辑模式 （4）左下角输入:x，意为保存并退出
7. cat：连接文本文件名，输出内容 （1）cat aa.txt：输出aa.txt全部内容，按q退出cat （2）head aa.txt：输出aa.txt前十行内容 （3）tail aa.txt：输出aa.txt后十行内容 （4）head -n+数字 aa.txt：自定义输出几行 示例：

1. cp 作用：cp A B：复制A，命名为B 示例：
2. mv 作用：mv 文件名 路径：移动文件到某路径下 mv 文件名1 文件名2：将文件名1重命名为文件名2 示例：