没想到一个在线qPCR工具这么火爆,再写个文字教程吧~
为何要做qPCR在线分析工具?
站长最近在整理实验数据,每次整理到qPCR数据的时候就很崩溃。
一般qPCR的结果都是机器自动生成的,配合机器自带的软件生成一个Bar图,然而这个Bar图,没有统计信息,更没有好看的配色。
想得到好看的图并加上统计信息,后期自己的处理是必不可少的。
站长之前的处理步骤是,Copy原始的Ct值到Excel表中,用一些公式和函数得到结果,之后再用Prism 7去做图。
上面这个步骤是的确是可用的,并且也能够被大部分人接受。
但是,自从开发了网页工具,站长就总想着把过去繁琐的事情简单化、模块化,方便以后使用。
所以就想着把之前Excel处理qPCR数据的流程用R语言重新编译,用ggplot2对数据进行可视化,再用shiny进行交互与展示。
然而,这样一个标准化数据处理与展现流程,对于一个刚刚入门的人来说,真的没有那么容易。
坑很多,但站长爬上来了
因为有之前开发TCGA数据挖掘工具的经验,站长没想到这样已知计算公式搭建交互平台有这么困难。本以为一天搞定上线,结果搞了三天。
遇到很多坑,大致有以下几个方面:
1、调整符合数据统计的表格形式。
2、调整符合ggplot2可视化的表格形式。
3、从函数包到Shiny网页使用
从一个计算公式开始去实现一个交互功能的网页,让一个半路出家搞生信的人,深深的体会到了与高手的差距。
不过有这样的过程,查找问题和解决问题的同时,站长也掌握了新技能、巩固了旧知识。
教程
根据上面的视频教程,大家可以大致了解到工具使用流程。
现在这个版本,做了个小更新,加上了统计和分析结果。
下面是重点
有小伙伴遇到了一些情况,显示报错,最主要的原因就是输入表格。
上面这个表格是例子数据,在公众号回复qPCR就可以获得。
注意以下几点:
1、Group不要修改,位置和名称都不要修改。Group下面列出对照组和处理组的名字,在网页上填写对照组的名字即可。这里要说明一下,现在工具仅仅可以做到有一组对照,后期会上线多组对照的功能。
2、A12列也就是表格的第二列,要放参考基因,比如ACTB,GAPDH,U6等等,A12改成相应的基因名字,在网页工具上把这个名字输入到reference gene 那么那里。
3、每组数据至少应该有三个重复,有小伙伴说是否能去掉极端值,站长不建议直接去掉,从统计分析角度看,那样得到的结果也不准确,如果硬要去掉,站长建议填写另两个数值的平均值。
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