【论著】致谢吹哨人!公开分析代码!人体细胞修改新冠病毒RNA的证据被找到
Silvestro G. Conticello教授及其团队3月3日发表在BioRxiv上的文章。文章发现了新冠状病毒RNA进入人体细胞以后被编辑的证据,虽然没有生化试验验证,但可以推测参与RNA编辑的APOBECs与ADARs参与到编辑新冠病毒RNA的过程。另外,作者公开了分析流程的代码。
Courtesy: National Institute of Allergy and Infectious Diseases,
Rocky Mountain Laboratories
什么是RNA编辑?
现在的理论体系认为,细胞按照DNA序列转录成RNA,按照RNA序列翻译成蛋白质,蛋白质发挥生物学作用。但人们对RNA和DNA进行测序后发现,一些RNA上的序列或者某个位点,按照碱基配对原则不能够与原来DNA匹配上,由于原来的DNA没有相应位点的变化。那么这个导致这个变化的过程很有可能是发生在RNA环节,一些蛋白比如ADARs能够改变RNA的序列,进而影响蛋白质的功能,以至于最后导致某些疾病的发生。
这篇文章发现了新冠状病毒进入人体后存在这一的编辑事件,但这样的事件是助纣为虐,还是共同抗敌,就不清楚了。总之,文章从另一纬度解释了新冠病毒可能的作用机制。
文章致谢了公开原始数据的研究者及团队
此外最重要的是文末致谢的吹哨人,李医生大家一定知道,另外一个是
03SARS的吹哨人——卡洛·乌尔巴尼,关于他的介绍引自百度百科(https://baike.baidu.com/item/卡洛·乌尔巴尼/668985?fromtitle=Carlo%20Urbani&fromid=11237668&fr=aladdin):
RNA编辑分析代码
作者公开了整个分析的流程及代码
1、数据获取
prefetch -v SRR*** && fastq-dump --outdir /path_dir/ | --split- files /path_dir/SRR****.sra
2、比对
bwa mem NC_045512.2.fa SRR*_1.fastq SRR*_2.fastq | samtools sort –O BAM -o SRR*_.bam
3、寻找SNV
python2.7 reditools.py -f SRR*.bam -S -s 0 -os 4 -r NC_045512.2.fa -m omopolymeric_file.txt -c omopolymeric_file.txt -q 20 -bq 25 -o SRR*_output_table.txt
上面的流程中非常重要的软件是REDItools有关详细安装教程和参数请参考下面的链接:https://github.com/BioinfoUNIBA/REDItools
One More Thing......
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