Cell:一种超牛x的环状RNA高通量检测方法,文末有福利~
环状五年 2013年末两篇Nature告诉大家人体内除了有线性的RNA外,还有个环形的RNA;五年后,两篇Cell再次续写环状的传奇~~2019年以后,环状的世界又将会是怎样,满怀期待~~
看看人家怎么烧钱发Cell
Cell有一类论文叫做Resource简单说就是某一个新领域的大而全,而且不惜一切代价(”烧钱”的论文)。
这期的Cell,把金贵篇幅留给了环状RNA,一给就是两篇。与5年前Nature,惊人的相似,倒是比Nature的一篇Article,一篇Letter实惠一些。回看这篇大Cell,主要讲了一件事,用超级精准的外显子捕获转录组测序检测环状RNA,并且建立了一个几乎最全肿瘤的环状RNA表达的数据库。然而,这个技术通讯作者2015年就已经发表了
攒了三年样本,烧了钱促成了Cell大作。
解决了高通量检测环状RNA的痛点
在此之前,高通量检测环状RNA技术有基因芯片(姑且算高通量),RNsea R处理后测序,去核糖体RNA后测序芯片与测序的优劣比较不赘述了,但是,毕竟还是芯片~~~某公司也因为环状RNA芯片在国内大赚了一笔,后两者,RNsea R处理后测序,优点特异性高,这也是缺点,高富集了环状RNA,却丢掉了重要的线性RNA,对于现阶段研究环状RNA的机制是不利的。去核糖体RNA后测序这个其实就是现在常规lncRNA的测序,虽然因为绝大多数环状RNA丰度低而显得力不从心,但确实保留了细胞内最真实的RNA世界,后续人们为了检测更多的环状RNA,也加入了一些改进方案比如加大测序量等等。这里还要特殊强调,因为环状RNA形成是反式剪切的产物,所以所有测序必须是链特异性测序。如何判断看下面教程: “站长,怎么判断是不是<em>链</em>特异性建库呢?” 这篇Cell,提供的外显子捕获后转录组测序(链特异性)解决了去核糖体RNA后测序环状RNA低富集的问题,并且保留了真实的转录组,以便更好的研究环状RNA的机制。
想必这篇文章一出,某杰伦和一堆测序公司一定会因此大赚一笔。
要不要跟风去做?
土豪实验室,这里请飘过~~~这项技术这么牛,价格怎么样呢?测序技术的价格现在真的是很低了想想5年前,测lncRNA一个样本要价3万+,而如今只要3千+如果学了站长转录组初级教程,还能省1千+(口播广告强行植入:想挖掘新lncRNA写国自然,这课程足够了~~转录组测序分析教程优惠啦~原价199现在只要148~学会分析发文章,写标书~)今年这个测序还木有报价,估计加分析至少1万一个样本站长,经费有限,相信很多人跟站长一样。除非,所有高丰度环状RNA都被挖没了,或者这项技术掉到白菜价,否则站长是不会烧钱的~更重要的事,人家不是还nice得提供了一个全肿瘤组的counts文件,链接在这里https://nguyenjoshvo.github.iogithub国内还是能够上去的,但是下载的文件被挂载到Google Drive了~为什么要加但是呢?你们懂的~
被小公举连环call,断断续续写到这里,终于说道福利了。站长,懂你们想要什么,文件下载好挂到国内了
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