10X空间转录组高级分析进阶版

作者，Evil Genius

前几天在一个医院开了一次空间转录组的公开课，突然发现，老师们几乎没有基础，空转么，做的人也是相当的少，我讲的很多分析现场几乎都没人知道，顿时感觉在对牛弹琴，所以讲的时候也不敢再往深了去讲了，能跳过的都跳过了，ppt放出来，大家随意查看。

ppt涉及的空间个性化分析包括

• 基础分析（Spatial Area）
• 基础分析（空间聚类）
• 基础分析（空间分子聚类）
• 基础分析（空间分子聚类注释问题）
• 基础分析（单细胞空间联合）
• 基础分析（空间细胞分布）
• 基础分析（空间分层注释）
• 基础分析（空间通讯）
• 基础分析（空间通讯方法演变）
• 个性化分析（空间基因“开关”）
• 个性化分析（空间生态位）
• 个性化分析（空间轨迹）
• 个性化分析（空间轨迹向量场）
• 个性化分析（空间细胞网络）
• 个性化分析（空间CNV）
• 个性化分析（时空组学信号流）

如果有大家需要的内容，大家可以看一下，看之前先思考一下几个问题，带着问题来看ppt和知识链接。

好了，开始分享内容，注意要ppt和链接同时看，哪个内容是你需要的，要多多钻研。空转的个性化分析远不止这些，希望大家能够扎扎实实学好基础。

空间区域的识别，一般都需要借助病理学家来进行注释，当然本身空间聚类也是很好的参考。

参考链接：https://www.jianshu.com/p/e4c80d389d9d

参考链接：https://www.jianshu.com/p/e4c80d389d9d

空间聚类，不能像单细胞那样只考虑表达信息，也要考虑空间位置信息。

聚类方法:eg：SME、BayesSpace

参考链接:https://www.jianshu.com/p/2ec09ca06034

https://www.jianshu.com/p/4f0d600b708a

空间分子聚类，gene X barcode矩阵

空间注释问题，既有形态学注释，也有细胞类型的注释

空间区域的注释相对较难，没有病理切片的背景很难实现

参考链接：https://www.jianshu.com/p/90c03a045d9f

单细胞空间联合是目前生信最好的注释解决办法

空间细胞聚类，cell X barcode矩阵

空间细胞类密度，体现空间的有序排列

空间分层注释，也是一个很好的注释办法

空间通讯，与单细胞最大的分析不同点

通讯方法的演变，也是对空间认识不断提升的过程

参考链接：https://www.jianshu.com/p/ec1b73468480

参考链接：https://www.jianshu.com/p/b6bd97ded5a9

空间基因开关，空间的屏障隔开了组织之间的联系，像成了相对恒定的内部微环境

生态位

参考链接:https://www.jianshu.com/p/1877c6688948

空间轨迹，和单细胞理解上完全不同的轨迹

参考链接：https://www.jianshu.com/p/9bb2bc7fd498

空间轨迹向量场

空间细胞网络，很重要的空间分析点

参考链接：https://www.jianshu.com/p/d8ec80a438cf

空间CNV

参考链接:https://www.jianshu.com/p/35190590168d

https://www.jianshu.com/p/35190590168d

参考链接：https://www.jianshu.com/p/0d702c20d5a0

信号流向，查看信号流的趋势

大家带着问题去研究，生活很好，有你更好，上传到百度文库的人可耻。