如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据(somatic mutation)
前面给大家介绍了新版的TCGA数据库,通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据和miRNAseq数据
以及如何合并成矩阵
☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵
☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵
我们经常会在SCI文章里面看到下面这样的图来,展示体细胞突变(somatic mutation)的数据。
这个图叫瀑布图,展示每一样本中的各种类型的突变,包括错义突变,移码突变,无义突变,插入缺失等等。要想画出这张图,首先我们必须要准本好数据。今天小编就来跟大家聊聊怎么从TCGA数据库下载体细胞突变(somatic mutation)数据。
1.打开TCGA网站,输入需要下载的肿瘤类型
2.点击WXS后面的数字51
3.点击左上角File
4.选择WXS,Masked Somatic Mutation,maf,simple nucleotide variation,Aliquot Ensemble Somatic Variant Merging and masking,然后Add all files to cart
5.这51个文件就加入右上角的购物车里面了
6.下载sample sheet和Download下拉框里里面的Cart
得到两个文件
gdc_download_20220418_080408.481174.tar.gz和gdc_sample_sheet.2022-04-18.tsv
7.新建一个文件夹,名叫TCGA_CHOL_maf
在TCGA_CHOL_maf下面再建一个文件夹叫maf
将gdc_sample_sheet.2022-04-18.tsv拷贝到TCGA_CHOL_maf中,重命名为maf_sample_sheet.tsv。
将gdc_download_20220418_080408.481174.tar.gz拷贝到maf中解压
TCGA_CHOL_maf文件夹结果如下
TCGA_CHOL_maf/maf文件夹结构如下
那么到这里,我们就下载好了胆管癌的体细胞突变的数据了。下一期内容,我们将使用R代码将这些数据合并成一个矩阵,为绘制瀑布图做准备。
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