【粉丝作业】火山图展示ChIP-Seq peak结果
结果 展示 作业 Seq 火山 粉丝 ChIP peak
2023-06-13 09:13:02 时间
前面给大家介绍过
今天有个公众号粉丝问了小编一个问题,他想用前面讲过的EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图来展示ChIP-Seq peak结果。这可让小编眼前一亮,也感到相当的欣慰。学以致用,举一反三才是学习的最终目的。接下来我们来看看这位粉丝的成果吧。
数据结构如下,由于数据是这位粉丝的,我就不提供完整的数据了。只要包含下面三点内容,理论上都是可以使用EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图。
1) 行名是gene名字,miRNA名字或者peak名字等等,不能有重复
2) FDR,校正之后的p值
3) logFC,倍数改变
接下来我们看代码
peak=read.table("controlpeak.txt",header=T,row.names="Name",sep="\t")
library(EnhancedVolcano)
EnhancedVolcano(peak,
lab = rownames(peak),
x = 'logFC',
y = 'FDR'
)
我们就能得到下面这张火山图。我们先不谈这张图是不是好看,这些都可以参考☞手把手教你绘制火山图 去调参数。我这里主要想说的是,做科研不能循规蹈矩,不能被条条框框束缚了手脚。其实我刚听到这个想法的时候也是有些诧异的,因为在我的脑海里火山图一般是用来展示差异表达分析结果的。实际上只要跳出这个盒子,更抽象的去看待EnhancedVolcano这个函数,他要求的输入就是前面说到的三点,它并不管你究竟是不是差异表达分析的结果。
参考资料:
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