eggnong数据库本地版注释步骤
数据库 步骤 本地 注释
2023-06-13 09:13:01 时间
❝本节来介绍如何使用「eggnog-mapper」软件来对基因做功能注释，，由于需要注释的基因有10万条，在线版单次只支持5000条序列因此我们使用本地版来进行注释❞
软件安装
conda install -c bioconda eggnog-mapper
数据库下载
目前版本已经更新到5.0.2下载后解压缩即可
axel -an50 http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.db.gz
axel -an50 http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog_proteins.dmnd.gz
使用方法
python /home/abc/miniconda3/bin/emapper.py -i /home/abc/Desktop/pep.fa
--output /home/abc/Desktop/At -m diamond --cpu 35
--seed_ortholog_evalue 1e-5
--dmnd_db /data/public/database/eggnog/eggnog_proteins.dmnd
--data_dir /data/public/database/eggnog
❝注意需要写对软件的路径及数据库相对应得路径，本次使用35个线程来进行注释还是相当快的，此外该程序对内存得占用不是很高 ❞
❝今天的介绍到此结束，需要做数据注释的可联系小编，喜欢的小伙伴欢迎分享转发；
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