『热门研究与论文发表系列研讨会』<第四期>回顾：SAGE + 时空组 + 大数据技术

2022『热门研究与论文发表系列研讨会』开讲啦!

5月19日 <第4讲>上线

时空组

主题

时空组学技术发展前沿和进展介绍

嘉宾

刘龙奇，华大生命科学研究院单细胞组学首席科学家，超级细胞研究所所长。

现场Q&A

Q：SCI中细胞各类模式生长图是如何绘制？华大基因的恒河猴脑切片 组织聚类算法吗？

A：今天分享的模式生长图都是基于Stereo-seq技术，以胚胎组织为例，我们会先对组织进行包埋，随后冷冻切片机切片（厚度10μm），可以多个切片覆盖整个胚胎组织区域，然后通过Stereo-seq技术测序实现图谱的绘制。当然图谱绘制只是第一步，后续的分析还需要一些算法的突破，比如下机数据fastq到矩阵数据的处理就是一个十分重要的问题，虽然目前我们的团队已经把这一步的算法做得很好了，但是后续还可以优化将运行时间缩短至半个小时~一个小时，未来其他算法比如空间分辨率的聚类，3D重构等方向都可以有更好的突破。

Q：没有polyA的mRNA怎么办？

A：虽然理论上Stereo-seq技术是捕获有polyA尾的，但是我们的技术团队也在做针对非polyA尾mRNA的技术研发突破，也可以采取一些策略，例如随机的序列捕获可以抓取到非polyA尾的，当然在这里需要避免ribosome RNA的引入，因为ribosome RNA丰富非常高会掩盖目标RNA的信号，这也是潜在需要优化的点。

Q：请问刘老师fastq到表达矩阵上游分析有标准化的pipeline？

A：华大研究院的github账号(BGI research)上公开了一个Stereo-seq由fastq到表达矩阵的上游矩阵的pipeline：https://github.com/BGIResearch/SAW。可以根据需求下载安装。

Q：有没有stereo-seq相关分析算法的文章发表，想去学习一下。

A：我们的算法开发团队目前正在国内外算法团队合作开发Stereo-seq相关的算法，目前有一些工具的文章，在撰写或在审稿当中。关于Stereo-seq的分析，我们已经在github上释放了两个Stereo-seq数据的分析软件stereopy（https://github.com/BGIResearch /stereopy）和spateo（https://github.com/aristoteleo/spateo-release）。有需要的话，可以试用。另外，我们非常希望有算法开发能力的团队与我们一起围绕Stereo-seq，开发相关的软件和算法。

衰老研究

主题

衰老的组分分析和抗衰老化合物的人工智能筛选

嘉宾

代绍兴，昆明理工大学灵长类转化医学研究所生物信息大数据平台主任。

现场Q&A

Q：老师能总结一下衰老组学的一般研究思路么？

A：目前来说衰老领域的研究还没有明确路径，但是组学技术在衰老领域的研究是最常见的，例如通过（血液）代谢组学得到的分子marker或者蛋白组学得的分子marker。然后利用分子marker做衰老分子时钟。现在更多的研究是获取衰老的分子特征，但是分子表达量达到多少意味着衰老，这个是尚未明确的。所以目前衰老有很多进展，但是很难重复。我们研究衰老更多的是希望干预衰老。如果有明确的衰老标志物且是可重复的，很多干预的实验就可以基于这种标准进行。目前衰老领域的研究一方面需要建立标准，一方面还缺乏干预的手段。

Q：有没有可能通过靶点药物阻止生命衰老？

A：首先答案肯定的。雷帕霉素作用靶点mTOR，胰岛素/胰岛素样生长因子-1(Insulin/IGF-1)，组蛋白去乙酰化酶（Sirtuin）就是比较常见和公认的抗衰老靶点。基于这些靶点，研究者已经发现很多抗衰老活性化合物，部分化合物已进入临床试验。其次，通过高通量组学技术和基因编辑技术，科学家发现了更多新颖的抗衰老靶点。基于这些靶点，有望找到更新更好的抗衰老药物。

大数据技术

主题

AI靶场——基于可信平台的模型加工场

嘉宾

韩培义，哈尔滨工业大学（深圳）数据安全研究院副院长。

现场Q&A

Q：如何获得有效数据信息？

A：这个和数据任务紧密相关，例如医疗场景的数据分析任务需要找到合适的医疗数据，可采用AI靶场这种安全手段来获取数据进行开发利用。

Q：保障数据安全一般使用哪些技术？

A：业界一般会按照数据全生命周期的数据生产、数据存储、数据传输、数据访问、数据使用、数据销毁各个环节来进行数据安全防护。传统的数据安全技术手段有数据防泄漏、数据库审计、数据脱敏、数据加密、数据水印等。

SAGE

主题

投稿发文技巧以及特刊发表流程和益处

嘉宾

楼颖，SAGE出版社Managing Editor。

现场Q&A

Q：特刊要如何查询？就是比如我在发文章前怎知道有哪些特刊可以选择？

A：一般在期刊的官网上可以查询到特刊的相关信息。

Q：您说的特刊是不同于 国内说的 增刊吧？

A：特刊不同于增刊。

特刊是有特定的研究主题的文章的集合.

增刊是指在正常出版期刊正刊的前提下，由于某些特定需要，另外定期或不定期地增加编辑出版与期刊关系密切、附属于正刊的出版物，不一定有特定主题，多为会议摘要集合之类的文章。