docker安装Lefse和分析流程[通俗易懂]
2023-06-13 09:11:44 时间
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。
linux通过docker 安装 lefse 默认你已经安装好docker！
- 下载lefse镜像文件
docker run -it biobakery/lefse bash- 启动docker的lefse镜像，并且把主机文件夹挂载到镜像，这样可以在镜像中看到主机中的文件夹，下面是吧主机中的Data文件夹挂在到镜像（shared文件夹需要自己建），更改 Data权限 shared 权限也会改变。
docker run -it -v /home/dock/Data:/shared biobakery/lefse /bin/bash- 转化为lefse需要的格式
format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000- LDA effect size (lefse) 分析
run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res- 画图
plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.pngplot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png相关文章
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