如何在Windows电脑上使用LDSC软件(2)------LDSC的安装
2023-06-13 09:11:18 时间
在上一期的内容中,我带大家完成了Linux子系统的安装,今天我们就要开始在Linux子系统上安装LDSC了,这也是一个很大的坑!!!
下面的Linux代码是帮助升级相关软件的
sudo apt-get update
sudo apt-get install --reinstallbuild-essential
然后下载Anaconda的linux版本(https://www.anaconda.com/products/distribution),下载后按照教程一步一步安装(https://anaconda.cloud/support-center/installers),安装到最后一步可以将其配置到环境变量里,这样就可以直接使用Anaconda的相关功能了。
LDSC最简单的安装方法就是官网提供的(https://github.com/bulik/ldsc):
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git#下载ldsc
cd ldsc #进入ldsc文件夹
conda env create --file environment.yml #配置ldsc环境
source activate ldsc #激活ldsc环境
./ldsc.py -h #查看ldsc程序是否能正常运行
./munge_sumstats.py -h #查看munge_sumstats是否能正常运行
但是,如果上述步骤无法完成LDSC安装的话,那么建议按照下面的教程进行安装:
首先,自行创建一个名为ldsc的工作环境:
conda create --name ldsc
source activate ldsc #激活并进入ldsc环境
此时系统的前面会出现(ldsc)这样的小标志,如下图所示:
首先如果大家有代理的话,建议开启代理,这样可以直接使用bioconda下载相关依赖包,如果无法使用代理的话,可以使用国内的镜像
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
接下来一步一步安装所需的软件和安装包:
conda install python=2.7 #安装python 2.7
conda install pybedtools=0.7 #安装pybedtools 0.7
conda install nose=1.3 #安装nose 1.3
conda install bitarray=0.8 #安装 bitarray 0.8
pip install scipy==0.18 #安装scipy 0.18
pip install pandas==0.20 # 安装pandas 0.20
pip install numpy==1.16 #安装numpy 1.16
export PATH=~/ldsc:$PATH #配置环境变量
echo $PATH
接下来,我们输入 ldsc.py -h,如果出现如下页面,说明安装成功:
这样我们就完成LDSC的安装了,希望能给大家带来帮助,在下一期内容中,我会带大家进行LDSC实例分析和结果解读。
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