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双向孟德尔随机化研究简介
研究 简介 双向 随机化 孟德尔
2023-06-13 09:11:18 时间
双向孟德尔随机化(bidirectional Mendelian randomization,bidirectional MR)实际上就是评估暴露(exposure)和结局(outcome)之间是否存在反向因果关系,也即结局是否能导致暴露的发生,这里需要进行两次MR分析(如下图所示)。
举个简单的例子,大量观察性研究发现LDL水平的降低和癌症发病风险相关,这种关联一般有如下三个合理假设:
(1)LDL水平的降低导致癌症发病风险升高;
(2)癌症影响代谢,进而使得体内LDL水平降低;
(3)LDL水平降低和癌症发病风险这两者无因果关系,两者的关联是由潜在的其它因素引起的。
这里要想完成前两条假设就可以使用双向MR。
针对第(1)条假设
我们可以先从LDL的GWAS结果中挑选出和LDL水平密切相关的SNP,同时保证这些SNP彼此独立,不和混杂因素以及癌症直接相关。然后,我们以癌症作为结局,从癌症的GWAS数据中提取相关SNP的信息。最后进行MR分析,计算两者是否存在因果关联。
针对第(2)条假设
我们需要把癌症作为暴露,从其GWAS结果中寻找和癌症密切相关的SNP, 这里需要保证这些SNP彼此独立,不与混杂因素以及LDL水平直接相关。然后,我们从LDL的GWAS结果中提取相关SNP信息。最后,我们计算当癌症作为暴露时对LDL水平的影响
从上面描述中,大家不难发现这个双向MR实际上就是做了两次双样本MR分析,而且这两次使用的SNP应该是完全不一样的。
针对第(3)条假设
我们一般需要使用两步MR(two step MR)的方法来验证,下期我将和大家简单介绍一下。
不管是双向MR还是两步MR,它们本质上都是双样本MR研究的拓展。只有熟练进行双样本MR分析,我们才能顺利进行双向MR和两步MR!
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