CellOracle | in silico gene perturbation | 新旧世代的交替
目的:对我们的单细胞多组学数据作此分析,看那个de-diff的TF的敲除能够逆转分化方向。
科研永远是追新者的天堂,不解释。
tutorial:Tutorial - Read the Docs
https://github.com/morris-lab/CellOracle
Dissecting cell identity via network inference and in silico gene perturbation - Nature - 2023
本地文件:http://localhost:17435/tree/tutorials/CellOracle/docs/notebooks
其中的两个核心notebooks:
- http://localhost:17435/notebooks/tutorials/CellOracle/docs/notebooks/04_Network_analysis/Network_analysis_with_Paul_etal_2015_data.ipynb
- http://localhost:17435/notebooks/tutorials/CellOracle/docs/notebooks/05_simulation/Gata1_KO_simulation_with_Paul_etal_2015_data.ipynb
软件已经安装到了conda celloracle env里,可以直接使用。
最终目的图:
第一步:准备base-GRN
tutorial:https://morris-lab.github.io/CellOracle.documentation/tutorials/base_grn.html
https://morris-lab.github.io/CellOracle.documentation/notebooks/01_ATAC-seq_data_processing/option1_scATAC-seq_data_analysis_with_cicero/01_atacdata_analysis_with_cicero_and_monocle3.html
新旧世代王的交替
生物医学领域有着非常明显的世代交替,尤其是由数据和技术驱动的遗传学、基因组学、生物信息学。
- Genome那一拨,NGS初代组装;
- GWAS那一代,Pak算是领军人物;
- ENCODE那一代,Xiaole、Kevin Yip算是那一代;
- 单细胞这一代,群雄并起;
成也萧何败萧何,大佬们的宿命,为了在这一波里争得头筹、掌握资源就必须全力以赴;但技术的周期更替是无人可挡的,在一个领域投入太多,反而导致在新的技术变革面前难以掉头,只能错失这一波红利,甚至可能彻底成为古董,沦落为时代的眼泪。
技术有周期,那生物医学的真正价值到底是什么?我认为只有两个方向,一是基于基础科学的认知革命;二是基于临床转化的预防治疗革命。
就像股市一样,科研里的趋势也是由热钱资金驱动的,政府或者企业的热钱。
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