转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy
系统 相关 常见 转录 打分
2023-09-27 14:27:39 时间
2023年04月24日
2022年12月28日
没想到碰到了一个神器:PROGENy。可以给常见的14种signaling pathway活性打分。
buik RNA-seq: http://localhost:17435/notebooks/projects/cut_run/HDAC/RNA-seq.ipynb
scRNA-seq: http://localhost:17435/notebooks/projects/ApcKO_multiomics/3.DEG_pathways.ipynb
历史分析:
- pathway是一个不得不研究的主体,比如我们的paper就给很多GO pathway的基因打分了,很简单就是一个求均值。
- 关于complex的活性打分,就得使用几何平均,因为缺失任何一个都会导致complex失活。
现有工具:
- AUCell allows to identify cells with active gene sets (e.g. signatures, gene modules...) in single-cell RNA-seq data. AUCell uses the "Area Under the Curve" (AUC) to calculate whether a critical subset of the input gene set is enriched within the expressed genes for each cell.
- 为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA
- Calculate module scores for feature expression programs in single cells:AddModuleScore
目前任务:给Wnt和RA通路打分
初步设想:分component activity和target gene activity两个维度来衡量。
参考文献:wnt signaling target genes
- Wnt target genes and where to find them
- Wnt Target genes
- Multiple Targets of the Canonical WNT/β-Catenin Signaling in Cancers
- Wnt/β-Catenin Target Genes in Colon Cancer Metastasis: The Special Case of L1CAM
- Comprehensive analysis of β-catenin target genes in colorectal carcinoma cell lines with deregulated Wnt/β-catenin signaling
待续~
参考:
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