如何编译源代码

c语言的samtools

配置 configure --prefix=

编译 make

安装 make install

举例:

1.先下载二进制文件 wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2  #或者用其他网络下载好之后，ftp上传到服务器

下载到home/yll 目录下

2解压缩。 tar zxvf samtools-1.10.tar.bz2，不对，应该是 tar jxvf samtools-1.10.tar.bz2。

解压缩之后，会生成 samtools-1.10.tar.bz2目录，目录内含有configure 和samtools软件

3.进入 samtools-1.10.tar.bz2目录，输入 ./configure 命令，开始配置。有的时候不需要这一步

4.make 编译

5 make install 安装

6。samtools检查安装是否成功

如果安装 不成功，并且提示是由于权限问题，安装的文件夹没有权限。

那就需要在配置的时候加上configure --prefix=安装路径，

在此之前需要把已经编译的samtools 清除掉    make clean

7.make clean

8.重新开始配置

./configure --prefix='/home/yll/samtoo/'   #一定要有引号，选择一个有操作权限的目录

9重新开始编译

make

10 重新安装

make install

11 检查安装是否成功

12.把软件加入环境变量。这样在其他文件夹就可以使用该软件

  首先，确定软件的安装路径 ，which samtools ，pwd获得路径

  然后，vim  ~/.bashrc 打开bashrc，把软件路径加入，如 export PATH='/home/yll/samtoo/bin/:$PATH'  #一定要有引号，路径正确

13 source  ~/.bashrc 重新加载一下