关于RNAseq链特异性文库的一些细节问题

建库方式是 dUTP - second strand

以下是我的理解，不一定对，欢迎大家留言讨论

基因组测序结果存储在fasta文件里，方向是从左到右 是 5'到3’

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也就是上面那条序列，默认为是正义链

那如果基因在正义链上 如果序列是 ATGATCACT

那么转录出来的RNA序列是 AUGAUCACU

因为是以基因所在链的互补链为模板进行转录

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然后用这个mRNA序列去制作cDNA

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然后用这个cDNA第一链 加dUTP去制作第二链

用双链的cDNA去制作文库

然后再把带u碱基的第二链降解

用第一个链去测序

Since the sequencing primer binding site is located in the 5′-end adapter, all reads would start from the 5′-end of the first-strand cDNA

所以双端测序

第一个read 的序列信息就是 AGTGA

第二个read 的序列信息就是 ATGATC

所以将这两个reads比对到参考基因组 第一个read是反向匹配 reverse

第二个reads是正向匹配 forward

所以链特异性的文库类型是 rf