[Briefings in Bioinformatics|论文简读]NetTDP：基于互换的真实发现比例的差异性共表达网络分析

简读分享 | 赵晏浠 编辑 | 陈兴民

论文题目

NetTDP: permutation-based true discovery proportions for differential co-expression network analysis

论文摘要

现有的差异网络分析方法只能推断两组样本之间是否存在感兴趣的网络差异，但不能量化和定位网络差异。在这项工作中，作者提出了一种新的方法，即基于互变的网络真实发现比例（NetTDP），来量化共表达网络不同的边（相关性）或节点（基因）的数量。在NetTDP方法中，作者提出了一个边缘级的统计量和一个节点级的统计量，并通过基于排列组合的sumSome方法分别检测差异性共表达网络意义上的边缘和节点的真实发现情况。此外，NetTDP方法可以通过推断感兴趣的边缘或基因子集的TDP来进一步定位差异，这些子集可以在事后选择。NetTDP方法允许对数据驱动的模块或生物学驱动的基因集进行推断，即使这些子网络使用相同的数据进行优化，仍然有效。在模拟数据集和五个真实数据集上的实验结果表明，所提出的方法在推断差异性共表达网络的量化和定位方面是有效的。

论文链接

https://doi.org/10.1093/bib/bbac417