[Nature Chemistry | 论文简读] 动态解除对接和准束缚态作为药物发现的工具

简读分享 | 庞超 编辑 | 陈兴民

论文题目

Dynamic undocking and the quasi-bound state as tools for drug discovery

论文摘要

目前的药物发现领域迫切需要一种能够提高有效性和效率的新技术。基于结构的方法较为有用，但它们只能预测蛋白质-配体复合物的结合亲和力。作者采用了另一种方法来评估结构稳定性，而不是热力学稳定性。由于生物活性分子呈现一种静态结合模式，作者设计了动态接触对接方法（DUck），这是一种快速计算方法用来计算达到准结合状态所需的工作，在该状态下，配体刚刚解开了与受体最重要的天然接触。这种非平衡特性在虚拟筛选中非常有效。值得注意的是，DUck与分子对接和其他“热力学”方法呈正交关系。作者在文中展示了对接-解除对接结合的方法在针对肿瘤靶点Hsp90的片段筛选中的潜力。

论文链接

https://www.nature.com/articles/nchem.2660

代码链接

www.ub.edu/bl/undocking