[nature genetics | 论文简读] 用序列模型从染色体角度来预测3D基因组结构
2023-02-18 16:48:03 时间
简读分享 | 金俊儒 编辑 | 李仲深
论文题目
Sequence-based modeling of three-dimensional genome architecture from kilobase to chromosome scale
论文摘要
为了更好的学习基因序列如何影响3D结构,本文提出了一个基于序列的深度学习方法,Orca。这个模型能够在整个基因组scale上进行预测。Orca能够捕捉到基于序列的结构,比如CTFT,enhancer-prompter等等。Orca还有多种应用,比如预测结构变异以及结构变异的影响。
简评:做的主要是问题是纯sequence的问题,而且在一个非常长的序列上做的特征提取,对mutation的研究也有涉及,所以很有启发性.
论文链接
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01065-4
GitHub链接
https://github.com/jzhoulab/orca
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