TISMO：建立肿瘤免疫和免疫治疗反应模型的同基因小鼠肿瘤数据库

针对共同抑制途径的免疫治疗已经显示出显著的临床成功，但仅在癌症患者的亚群中显示出EF-敏感（1）。免疫检查点阻断(ICB)治疗异质性反应的潜在机制尚不清楚。肿瘤患者的临床症状准确地反映了肿瘤微环境(TME)，但难以获得和控制实验。完全重述癌细胞复杂性及其与免疫系统相互作用的临床前模型对于研究ICB的潜在耐药机制至关重要（2）。目前用于癌症研究的体外系统，如传统的二维细胞培养或三维有机体，都是用来模拟TME的复杂性的。相反，将同基因肿瘤移植到免疫活性小鼠体内是容易获得的，并为癌症免疫学研究提供了可复制的结果。同基因小鼠模型已广泛应用于肿瘤免疫学研究，并产生了大量不同免疫治疗下的肿瘤表达谱（3,4).

然而，缺乏系统的收集和变异分析个别发表的同基因肿瘤档案，使数据重用具有挑战性。

多个现有数据资源可用于小鼠癌症模型，如MPD（5,6）、MMHCDB（7,8）、MGD（9）、GXD（10）、PDX Finder（11）和NCI OMF（https://oncologymodels.org/annotatedDataSets）。在这些数据库中，只有NCI OMF包含同基因肿瘤模型研究，尽管它只提供这些研究的元信息而没有表达谱。与NCI OMF在提供学习级元信息方面类似，GXD（10）主要研究野生型和遗传突变型小鼠的表达谱，但其范围仅限于胚胎期和出生后时期。MPD（5,6）重点研究不同小鼠品系在特定实验治疗下的表型，对选定样本进行品系特异性基因分型和微阵列基因表达数据，尽管不包括同基因肿瘤模型。MMHCDB（7,8）专注于基因工程小鼠模型，近交系，和病人衍生的人类癌症异种移植模型，并提供关于小鼠肿瘤中特定突变/等位基因变异的信息。MGD（9）是小鼠基因组信息学(MGI)的主要组成部分，提供关于小鼠基因和其他基因组特征（如核苷酸、蛋白质序列和SNPs）的描述性注释。两个MMHCDB（7,8）及MGD（9）通过将遗传背景与表型联系起来，探索人类疾病和小鼠模型之间的联系，但都不包括同基因的TU-MOR模型。PDX查找器（11）是一个可搜索的目录，包含1985年不同CAN-CER的PDX模型的信息，但顾名思义，该资源仅限于PDX模型。据我们所知，目前还没有一个发表的数据库提供了全基因小鼠肿瘤的表达谱和表型数据。

在此，我们提出了肿瘤免疫同基因小鼠(TISMO)，这是一个大规模的可公开获得的同基因小鼠模型资源。TISMO（http://tismo.cistrome.org）是一个全面的数据库，有两千多个统一处理和质量控制的同基因小鼠癌细胞系和肿瘤模型的RNA-SEQ样本。这些数据集是使用标准化工作流从原始排序读取中统一处理的。此外，还推断了细胞浸润和途径富集水平，并对表型元数据进行了大量注释。TISMO为用户提供交互式Web界面，以比较和可视化跨同基因小鼠模型、治疗和应答组的基因表达、通路富集和免疫浸润水平。TISMO的合理维护对肿瘤免疫学和免疫肿瘤学研究具有重要意义。

该网站由七个功能部分组成：“主页”、“数据浏览器”、“基因”、“通路”、“浸润”、“数据下载”和“文档”。“Home”包括一个教程视频，其中有关于使用数据库和网站的一步一步的说明。用户可以通过“数据浏览器”模块浏览或搜索整理好的元数据，以找到相关的同基因模型。“基因”、“通路”和“浸润”模块使用户能够选择和比较治疗、应答组和模型之间的基因表达、通路富集和免疫浸润水平。用户可以在这些模块中探索和开发与ICB治疗和反应相关的基因表达程序或免疫浸润。在Pathway模块中，用户还可以上传和评估自定义的基因集。在“数据下载”模块中，用户可以下载数据库中所有样本的表型元数据、量化基因表达和免疫细胞浸润。文档页面总结了不同模型和处理条件下的数据处理步骤和样本数量。

数据库地址：http://tismo.cistrome.org/