CSCD2 ｜circRNA相互作用预测数据库

之前在介绍[[circRNA相互作用预测]]数据库的时候，我们提到了一个 CSCD 的数据库。在这个数据库当中，我们可以预测正常组织或者癌当中特异性的 circRNA 以及这个 circRNA 相互作用的 miRNA和RBP。最近 CSCD 更新了2.0 的版本：CSCD2.0: http://geneyun.net/CSCD2/#

相比较之前的版本， CSCD2 主要是增加了分析的数据量。在 2.0 版本当中，作者从 ENCODE 和 SRA 数据库中收集了来自组织或细胞系的 1113 个样本的 RNA-Seq 数据集，包括 ==472 个癌组织样本、353 个正常组织样本、91 个癌细胞系样本和 197 个正常细胞系样本==。

功能方面的话，和之前版本没有多大的区别，主要也是用来预测 circRNA 和 miRNA/RBP 的相互作用。但是在数据查询方面的， 1.0的版本只提供了基于 circRNA 的查询。在 2.0 版本当中，则可以基于 miRNA/RBP 来进行查询。

最后在 2.0 当中也提供了数据下载的功能。有兴趣 DIY 的可以直接下载原始数据。