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namedropR——给你的参考文献做个封面和二维码

2023-03-07 09:46:48 时间

你是否常常因为大佬在讲报告的时候，明明看到了引用，却无从查起？

Nobori and Wang et al Nature Plants (2020)到底是哪一篇文献？？

拒绝无效引用，从自己的Presentation做起！

今天给大家分享一个R包——namedropR[1]。

namedropR 提供包含论文元数据和二维码的“可视引用”，生成的banner 包含文章的标题、作者、杂志和出版年。基于此，用这个包做Pre 的封面或引用文献可是再适合不过了！

示例效果

使用

使用需要文章引文的BibTeX格式信息（如果需要使用二维码链接到原文，则需要DOI，建议添加），也可以按照下图格式手动添加。

手动添加bib

bib_path <- "path/to/bibliography_file.bib"

# 加载R包
library('namedropR')

# cite_key的参数为BibTex后“@article{”后的信息
drop_name(bib_path, cite_key = "SomeAuthor2010")

# 生成PNG
htmltools::img(
  src = drop_name(
    bib_path,
    cite_key = "SomeAuthor2010",
    export_as = "png",
    style = "modern"
  )
)

# 生成HTML 
htmltools::includeHTML(
  drop_name(
    bib_path,
    cite_key = "SomeAuthor2010",
    export_as = "html",
    use_xaringan = TRUE,
    style = "modern"
  )
)

生成的banner 共有7种风格可选。

另外，在生成PNG或HTML的同时，也有单独的二维码图，直接用来放在角落避免大家陷入找不到引用文章的尴尬境地！

实例演示

以文章《High-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome》[2]为例。

打开谷歌学术（百度学术同），找到引用，导出至BibTex格式。

将文件保存为.txt，然后将=前后都加上空格，即“ = ”（如下图），并将格式修改为.bib。（.bib格式也可以通过Sublime打开并修改，因此使用Sublime的小伙伴可以直接保存为.bib）。

R包安装

install.packages("namedropR")
webshot::install_phantomjs() # 转PNG需要，建议安装

图片生成

library(namedropR) 
#通过drop_name函数从.bib文件中提取元数据：
bib_path <- "scholar.bib"
drop_name(bib_path, #BibTeX/BibLaTeX格式，通常为.bib后缀
          cite_key = "zheng2022high", #指定引文：@article{后的内容

# 导出为PNG
htmltools::img(
  src = drop_name(
    bib_path,
    cite_key = "zheng2022high",
    export_as = "png",
    vc_width = 700, #默认600px，当遇到长/短标题时可以自行按需调整图片长度
    style = "fancy") # 风格
  )
)

# 导出为HTML
htmltools::includeHTML(
  drop_name(
    bib_path,
    cite_key = "zheng2022high",
    export_as = "html",
    use_xaringan = TRUE,
    style = "fancy") # 风格
  )
)

最终效果

参考资料

[1]

namedropR: https://github.com/nucleic-acid/namedropR

[2]

High-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome: https://mp.weixin.qq.com/s/_-Daun8y-MOc1CXXt-km5g

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