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Linux - sed

2023-03-07 09:45:38 时间

生信技能树学习笔记

sed

流编辑器,一般用来对文本进行增删改查

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常见功能: 增 删 改 查

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cat readme.txt | sed '1,2i Well' ## 在第一行和第二行的前面增加well
cat readme.txt | sed '1,3d' ## 删除第1-3行
cat readme.txt | sed -e '2i Well' -e '2a Well' ## 第二行的前后加Well
cat readme.txt | sed '2,4c ******' ## 会发现三行转变成一行
cat readme.txt | sed 's/is/IS' ## 默认替换第一个
cat readme.txt | sed 's/is/IS/g' ##t 替换全部
cat readme.txt | sed ‘1~3s/ee/EE’ ##1 4 7 ...行的默认第一个ee替换成EE
cat readme.txt | sed '/www/ s/ee/EE' ## 匹配到有www的那一行进行替换

cat readme.txt | sed ‘/ee/p’ ## 有ee那一行多打印一次
cat readme.txt | sed -n '/ee/p' ## 单独打印有ee的行,-n只显示经过处理的行

cat Data/example.fq | sed -n '2~4p' | head ## 打印序列行

cat readme.txt | sed 'y/abcde/ABCDE' ## 一对一转换
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head Data/example.gtf 

head Data/example.gtf  | sed 's/HAVANA/ENSEMBL_/g'

cat Data/example.fa | head | sed '2,$y/ATCG/TAGC/'

cat Data/md5.txt | sed '1d'

head -2 Data/example.fa | sed '1d' | sed 'y/ATCG/TAGC/' | rev ##反向互补序列
head Data/example.fa | sed '1d' | sed 'y/ATCG/TAGC/' | rev | tac ## 多行的反向互补序列