提供了编程的基础技术教程

zl程序教程

您现在的位置是：首页 >  其他

当前栏目

【持续更新】Rstudio使用Note

变量
2023-03-07 09:41:27 时间

R包安装方法

基础款：
install.packages("BiocManager")
package_names如果是一个包含多个包名的向量，则可以同时安装多个包：
install.packages(package_names, dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')
还可以指定R包链接地址：
install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Matrix.utils/Matrix.utils_0.9.8.tar.gz",
  repos=NULL, method="libcurl")

升级款（使用BiocManager安装）：
BiocManager::install("remotes",ask=F,update=F)

怀旧款（使用remotes安装该包的指定旧版本）：
remotes::install_version("rvcheck", version = "0.1.8")

github款（通过devtools安装github上的包）
先得安装devtools
install.packages('devtools')
devtools::install_version("spatstat", version = "1.64-1")
还可以用来安装下载到本地的安装包：
devtools::install_local("/path/Rpackages.tar.gz")

Rstudio不显示图了

dev.off()
dev.new()

替换数据、及空值和空格的替换

替换特定字符串，前方字符串是被替换的，后方字符串是替换的
sc@meta.data$tag <- gsub("hash_TAG_1","D0",sc@meta.data$tag)
替换空值（不是NA）为-
gsub("^$","-",protein2$Gene.names)
替换空格
gsub(" ","_",colnames(library))

把一列分成多列

有时候富集出来的结果表格里是斜杠分割的基因编号，先利用这个按照斜杠把他们分成多列，再按列转换成基因名即可

separate(data, col, into, sep = "/", remove = FALSE)
data: 数据框格式
col: 要分解的列，可以是列名c(“col1”, “col2”)，也可以是位置c(1,2)
into: 分解后的列名
sep: 分隔符
remove: 去除被分解的列

把A文档中的某一列a中的所有B文档中a列的元素替换成B文档中b列的元素

经常需要进行的操作，R肯定有更好的方法，但是有时候找方法的时间比无脑写循环要长。数据太大的话不要自己写循环了，乖乖去找成熟的工具吧。

for(i in 1:length(B$a))
{
A$a <- gsub(B[i,"a"],B[i,"b"],A$a)
}

清除变量

# 清除单个变量
rm(object) #变量名
# 清除所有变量
rm(list = ls())
# 使用rm() 函数后虽然会删除变量，但只是从R的工作环境中删除了这些变量，并没有在你的电脑储存空间中完全删除这些变量，所以这些变量还是会占用电脑内存空间的
# 你可以理解为rm() 类似把文件丢到了回收站，但没有从回收站永久删除他们
# 如果想完全删除，需要再用一次 gc() 函数，并且gc() 函数会report目前的内存使用情况
gc()

相关文章