R包|用SCI文章的配色画图
我们在进行R进行画图时,常常会感叹默认配色难看,又不愿去找配色。因此,本期给大家推荐R包ggsci[1]解决以上问题。
ggsci提供了一个ggplot2调色板集合,其灵感来自科学期刊、数据可视化图书馆、科幻电影和电视节目,并不是期刊官方提供的配色。
通过vignette("ggsci") 在其帮助文档里我们可以发现共有16种主题。
比如NPG,由Nature的配色汇总而来;再比如AAAS,由Science的配色汇总而来。
NPG
安装
使用ggsci之前,首先要安装好ggplot2。
Install from CRAN
install.packages("ggsci")
Install from GitHub
remotes[2]:Download and install R packages stored in GitHub, GitLab, Bitbucket, Bioconductor, or plain subversion or git repositories. This package is a lightweight replacement of the install_* functions in devtools. Indeed most of the code was copied over from devtools.
remotes::install_github("nanxstats/ggsci")
事实上,现在BiocManager::install()已经可以自动识别包的来源,直接使用BiocManager::install("ggsci") 即可。
使用
ggsci使用起来非常简单,只需要在画图命令中加入scale_color_xxx(xxx为你需要的配色主题)。
示例数据
我们采用ggplot2的内置数据diamonds中的部分数据来演示。
library(ggplot2)
library(dplyr)
data("diamonds")
small_dia = sample_n(diamonds,size = 1000) # 从diamonds中随机抽取1000个数据
small_dia示例
绘图演示
将carat映射给x,price映射给y,以cut作为颜色的分组信息绘图。
ggplot(data = small_dia,
aes(x= carat,y=price,color = cut))+
geom_jitter()+
theme_classic()
default
Nature配色
我们再加上scale_color_npg()采用Nature配色
ggplot(data = small_dia,
aes(x= carat,y=price,color = cut))+
geom_jitter()+
scale_color_npg()+
theme_classic()
scale_color_npg
Science配色
ggplot(data = small_dia,
aes(x= carat,y=price,color = cut))+
geom_jitter()+
scale_color_aaas()+
theme_classic()
scale_color_aaas
Rick and Morty配色
ggplot(data = small_dia,
aes(x= carat,y=price,color = cut))+
geom_jitter()+
scale_color_rickandmorty()+
theme_classic()
scale_color_rickandmorty
还不抓紧去试试!
参考资料
[1] ggsci: https://nanx.me/ggsci/
[2] remotes: https://remotes.r-lib.org/
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