从零到壹：Cytoscape插件~wikipathway篇

wikipath 分析通路神器之一，wikipathway也被插在了Cytoscope中。

wikipathway

WikiPathways 是促进和维护专用于内容的社区资源生物通路。任何注册用户WikiPathways可以促进，并且任何人都可以成为注册用户。WikiPathways使用内置链接到MediaWiki软件中，定制的图形途径编辑工具PathVisio 和集成BridgeDb 的数据库覆盖主要基因，蛋白质，和代谢物的系统。

上图这种效果PathVisio编辑器可以做出来，如果感兴趣可以到官网下载https://www.pathvisio.org/。(Kutmon et al. BMC Genomics 2014, 15:971)

插件wikipathway

Cytoscape里的wikipathway除了能做出上面的通路图，当然还有它的绝技网络图。我们以cell cycle通路为例进行讲解。先在APP manager里下载及安装wikipathway。

可能大家会发现APPS里面却没有显示wikipathway，不要急。我们点击file-import-network-public-databases。在Data Source里选择WikiPathways，它提供了多个物种可以选，我们选择Homo sapien，搜索cell cycle。

我们先点击Import as Pathway

然后可以在此基础上对感兴趣的基因进行标注不同颜色（style-selected paint），也可以根据自己的需要进行一定的删减修改。此处重点——选择Import as Network，就会出现网络图。

我们可以在此基础上进行颜色及形状的修改

Wikipathway还有很多功能可以探索，欢迎大家一起分享。