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生信星球学习小组-Day3学习笔记--conda

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2023-03-07 09:04:17 时间

conda是什么？

Conda 是一个开源的包管理系统和环境管理系统，可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行。Conda 可快速安装、运行和更新包及其依赖项，可以轻松地在计算机上创建、保存、加载和切换环境。它是为 Python 程序而创造的，但它可以打包和分发任何语言的软件。

怎样在Linux上安装conda？

为了生信分析的需求，我们安装Miniconda即可。

1. 首先，为了更加稳定、快速地获得Miniconda的安装包，我们需要从国内相关镜像网站下载，如清华、北外、国科大、阿里等镜像网站。

  • 谷歌/百度搜索 conda 清华
  • 查看自己的Linux系统信息，后续下载相应版本
  • 在miniconda的下载页面，复制相应最新版本的下载链接

2.将miniconda的安装包下载到Linux系统中

mkdir bio_packages # 创建 bio_packages 目录
cd bio_packages/ # 切换到 bio_packages 目录下，这里可以使用 tab键 补全命令，比如只打 bio 三个字母，然后按 tab键 就会补全后续命令，这样做非常高效，还能避免输入错误
wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh # wget是一个linux系统自带的可在网络上进行下载的简单而强大的自由软件，wget + 下载链接 即可下载下来

3.安装miniconda

  • 我们使用ls命令可以看到一个.sh后缀的文件，这个文件就是安装包。 一般我们可以使用bash Miniconda3-py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh 命令行进行安装，会弹出以下信息：
  • 之后还需要使用source ~/.bashrc来激活 conda 。
  • 命令行输入conda，如果显示软件相关信息就说明安装成功了。
  • 最后还需要添加镜像，加快国内下载软件的速度，比如可以添加北外的镜像。
# 使用北外的镜像，依次输入下列命令行即可
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda的基本操作

conda主要是用来安装和管理软件的，它还可以轻松地创建、保存、加载和切换环境。环境类似于画板，我们可以拥有很多不同的画板，我们可以在不同环境中下载不同的软件系列，用于处理不同的任务。

  • 查看、创建、切换环境
conda env list 或 conda info --envs # 查看已有环境

我们在安装完conda后，自动会创建一个名为base的基础环境，后面的*号说明我们目前处在这个环境中。

# 其他有关环境操作的常用命令
conda create -n 环境名 # 创建新的环境
conda activate 环境名 # 进入指定环境中
conda remove -n 环境名 --all # 删除指定环境
  • 使用conda安装软件
conda list #首先我们可以先查看当前环境中安装了哪些软件
conda install fastqc -y # 安装fastqc到当前环境中，-y参数表示同意安装过程中的所有询问，也可以不加 -y参数，进行手动回答
conda install fastqc=0.11.7 -y # 安装指定的fastqc版本
conda remove fastqc -y #将fastqc从当前环境中卸载
  • 查看软件相关信息

一般我们输入软件名/软件中的脚本名 + --help参数，比如fastqc --help来查看软件的相关参数等信息。

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