生信技能树数据挖掘笔记
————————图片转载自小洁忘了怎么分身
R/Rstudio
数据类型与向量
tab键、上下键、ctr+L(back)
逻辑型数据
转换和判断
数据的结构
脚本直接双击打开,数据要load加载
向量的生成
数据类型的转换优先顺序
对单个向量进行操作
赋值是实际改变文件的方法
sort()默认从小到大,可以添加decreasing=T,改为由大到小
duplicated()判断是否重复
R语言默认思想;
R语言函数思想,能用函数替代的,不要手动去数
对两个向量的操作
发生循环补齐
% in %
向量取子集
x <- 8:12
[]中括号的作用可以把T挑选处理,丢弃F
[]中括号里面的可以是逻辑值判断,可以是具体的值(即下标),可以是函数,可以是向量
如何修改向量中的某个或者某些元素
简单的向量作图
数据框、矩阵和列表
向量是一维的
矩阵是二维的
lis列表t可装万物
数据框的来源
新建数据框
从文件中读取(放在工作目录下)
数据框的属性
dim()多少行、多少列,nrow()多少行,ncol()多少列,rownames()行名
数据框取子集
数据框的修改
矩阵新建和取子集(不支持$)
矩阵的的转置、转换
矩阵画热图
列表的的新建和取子集
l[[2]]:取第二个子集,再取矩阵的子集
列表支持$
数据结构的总结
函数和R包
R包
1.CRAN网站
2.bioconductor
3.github
安装需要加引号,library不需要
文件的读取
CSV打开方式:默认excel;记事本;sublime(适用于大文件);R语言读取
常见分隔符:逗号;空格;制表符(\t)
R语言作图
映射,根据数据框某一列的属性来定义图的某个属性
letters小写字母,LETTERS大写字母,默认relplace=F
统计变换
ggpubr
R语言的综合应用
1.玩转字符串
由于有多个字符串和多个拆分站点,参数simplify=T给我们提供了一个矩阵(每行是x中的一个字符串,拆分后的每列是一个片段),它可以转换为data.frame
玩转数据框
keep_all=T时,考察完输入列的独立性后,其他列保留输出
条件语句和循环语句
表达矩阵画箱线图
round()指定小数点后几位
隐式循环
# 如何挑出100个数字中最大的10个?
sort(a)
tail(a,3)
tail(sort(a),10)
head(sort(a,decreasing = T),10)
load("test2.Rdata")
a = apply(test,1,var)
names(tail(a,1000))
a = names(tail(apply(test,1,var),1000))
pheatmap::pheatmap(test[a,],show_rownames = F,scale = "row")
两个数据框的连接
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