利用VCF文件构建系统发育树
2023-02-25 18:21:56 时间
导读
本文将介绍三种使用VCF
文件,构建系统发育树的方法,包括程序的安装,使用,已及系统发育树的可视化与美化。
1. VCF2Dis
VCF2Dis是一种新的简单高效的软件,用于计算基于VCF
格式的距离矩阵
1.1. 安装
# 下载
wget -c https://github.com/hewm2008/VCF2Dis/archive/v1.47.tar.gz
# 解压
tar -zxvf v1.47.tar.gz
# 进入程序目录
cd VCF2Dis
# 编译
make ; make clean
# 测试运行
./bin/VCF2Dis
1.2. 距离矩阵
- 利用
VCF2Dis
生成距离矩阵
VCF2Dis -i test.vcf -o test.mat
1.3. mat2nwk
- 文件转换
上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0。上传以后,选择Data type
为Distance matrix
。 然后根据自己的需要进行配置,最后填入任务名称和Email
来获取结果通知。
- 结果下载
点击下载结果
结果文件是一个压缩文件,里面包含:
- 一个
.nwk
文件用于进化树可视化
stats.txt
记录了文件转换过程中,选择的参数
stdout.txt
转换过程中的日志文件,记录了程序的运行过程
1.4. iTOL美化
十分推荐利用
iTOL
对进化树进行美化,该程序是网页版,配置简单,结果十分漂亮。
- 导入iTOL美化
2. Phylip
PHYLIP是用于推断系统发育的免费程序包。
2.1. 安装
- 源码编译安装
# 下载PHYLIP
wget -c http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz
# 解包
tar zxf phylip-3.697.tar.gz
# 进入程序文件夹
cd phylip-3.695/src/
# 复制文件
cp Makefile.unx Makefile
# 编译
make install # 可能需要sudo 权限
conda
安装
# 新建phylip环境,并安装phylip
conda create -n phylip -c bioconda phylip -y
2.2. 格式转换
- 转换脚本下载
# 下载
wget -c https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.zip
# 解压
unzip v2.8.zip
- 转换为
PHYLIP matrix
python vcf2phylip.py -i test.vcf
# PHYLIP matrix是默认格式,不同输出格式,见下参数
# -f FASTA matrix
# -n NEXUS matrix
# -b binary NEXUS matrix
注意:test.vcf中的样本名一定要少于10个字符,否则会报错
2.3. 建树
- 构建配置文件
- seqboot.par
test.phy # 本程序的输入文件
R # 选择bootstrap
100 # 设置bootstrap的值,即重复的replicate的数目,通常使用1000或者100,注意此处设定好后,后续两步的M值也为1000或者100
Y # yes确认以上设定的参数
9 # 设定随机参数,输入奇数值。
- dnadist.par
seqboot.out # 本程序的输入文件
T # 选择设定Transition/transversion的比值
2.3628 # 比值大小
M #修改M值
D # 修改M值
100 # 设定M值大小
2 # 将软件运行情况显示出来
Y # 确认以上设定的参数
- neighbor.par
dnadist.out # 本程序的输入文件
M
100 # 设定M值大小
9 # 设定随机数,输入奇数值
Y # 确认以上设定的参数
- consense.par
nei.tree #本程序的输入文件
Y #确认以上设定的参数
phylip
建树
# 在 phylip 文件夹下,依次运行下面的命令
# seqboot
./exe/seqboot < ./seqboot.par && mv ./outfile ./seqboot.out
# dnadist
./exe/dnadist < ./dnadist.par && mv ./outfile ./dnadist.out
# neighbor
./exe/neighbor < ./neighbor.par && mv ./outfile ./nei.out && mv ./outtree ./nei.tree
# consense
./exe/consense < ./consense.par && mv ./outfile ./cons.out && mv ./outtree ./constree
3. IQ-tree
IQ-tree的建树方法与phylip
类似,只是最后一步不一样,同样需要先转换文件格式为:phy
(格式转换见2.2)。
3.1. 安装
- 利用
conda
安装
# 新建iq-tree环境 并 安装iqtree
conda create -n iqtree -c bioconda iqtree -y
3.2. 建树
IQ-tree
建树(简单)
iqtree -s test.phy
替代模型选择与详细的分支评估,见http://www.iqtree.org/中说明
上面三种示例程序运行过程中使用的参数,需要根据自身数据进行调整。
相关文章
- Jgit的使用笔记
- 利用Github Action实现Tornadofx/JavaFx打包
- 叹息!GitHub Trending 即将成为历史!
- 微软软了?开源社区讨论炸锅,GitHub CEO 亲自来答
- GitHub Trending 列表频现重复项,前后端都没去重?
- Photoshop Elements 2021版本软件安装教程(mac+windows全版本都有)
- (ps全版本)Photoshop 2020的安装与破解教程(mac+windows全版本都有)
- (ps全版本)Photoshop cc2018的安装与破解教程(mac+windows全版本,包括2023
- 环境搭建:Oracle GoldenGate 大数据迁移到 Redshift/Flat file/Flume/Kafka测试流程
- 每个开发人员都要掌握的:最小 Linux 基础课
- 来撸羊毛了!Windows 环境下 Hexo 博客搭建,并部署到 GitHub Pages
- 超实用!手把手入门 MongoDB:这些坑点请一定远离
- 【GitHub日报】22-10-09 zustand、neovim、webtorrent、express 等4款App今日上新
- 【GitHub日报】22-10-10 brew、minio、vite、seaweedfs、dbeaver 等8款App今日上新
- 【GitHub日报】22-10-11 cobra、grafana、vue、ToolJet、redwood 等13款App今日上新
- Photoshop 2018 下载及安装教程(mac+windows全版本都有,包括最新的2023)
- Photoshop 2017 下载及安装教程(mac+windows全版本都有,包括最新的2023)
- Photoshop 2020 下载及安装教程(mac+windows全版本都有,包括最新的2023)
- Photoshop 2023 资源免费下载(mac+windows全版本都有,包括最新的2023)
- 最新版本Photoshop CC2018软件安装教程(mac+windows全版本都有,包括2023