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生信学习小组Day4笔记—Chocolate Ice

2023-02-25 18:17:03 时间

R与Rstudio的安装

介绍:R和Java、Python一样,是一种计算机语言;Rstudio是为R提供的一个人性化界面。

安装:到R和Rstudio的官网下载安装即可。

注意:如果电脑用户名是中文,必须改成英文才能安装Rstudio,不然会安装失败。电脑用户名的查看方式:桌面上随便找个文件查找路径,desktop上一级目录就是电脑用户名

Rstudio的外观设置

找到Rstudio最上方菜单栏,选择Tools -- Global options -- Appearance

Rproject管理工作目录

  • Rstudio每次打开只能和一个文件夹互动,这个文件夹叫做工作目录working directory。是当前Rstudio默认的读取和存储位置。因此了解工作目录的概念和并且掌握管理方式非常重要,这样在同时进行多个项目时,每个项目的脚本、文件、图片、数据等才不会乱跑或混杂。
  • 管理工作目录的非常好用的方式就是:利用Rproject!

Rproject管理工作目录的教学视频:https://www.bilibili.com/video/BV1ZB4y127oJ/?spm_id_from=333.788

(1)新建R project,命名为目前正在进行的项目,比如"test",保存在某个路径下

(2)在刚才选择的路径下可以发现出现了"test"文件夹,且其中有同名的.Rroject文件

(3)通过双击.Rproject文件进入Rstudio,此时Rstudio的工作路径就是"D/test"啦!在界面File下可以看到test文件夹里所有的文件。可以将对应的研究数据也移到"test"文件夹,方便数据的读取。后续新建的脚本、保存的图片,以及记录历史代码的Rhistory文件、记录environment内容的RData文件也都会默认保存在test文件夹内

养成良好的习惯,从Rproject打开Rstudio!!!

如图:

RData:保存environment内的数据,保存RData再次打开工作目录会重现关闭之前的environment

Rhistory:记录历史代码,每次关闭R会自动生成该工作目录下的Rhistory文件,这样下次打开Rstudio按↑↓箭头或者在History板块就可以找到以前使用过的代码啦

R的基本操作

键盘上q旁边的tab键可以补齐代码哦~

  • 设置、查找工作目录 setwd():set working directory 设置某个目录为工作目录 getwd(): get working directory 查找当前的工作目录 #不管File板块打开了哪个文件夹,工作目录都是不变的。

红圈:浏览...

黄圈:一键返回工作目录

  • 显示某个目录下的文件列表 dir()或者list.files() 不设置参数的话,返回的就是工作目录下的文件
  • 加减乘除 +:加 -:减 *:乘 \:除 ^:平方 sqrt():开方 log2():log2(8)=3 log10():log10(100)=2 abs():绝对值
  • 赋值 <-
  • 删除变量
a<-3
b <- 1
c <- 4
u <- 5+6
rm(b)
rm(u,c)  
rm(list = ls())#清空所有变量

ls() :返回environment中的所有变量 #与list.files()区别,前者是返回变量,后者是返回目录下的所有文件

  • 列出历史命令 history() 相当于鼠标单击右上角history标签

双击命令,命令会自动粘贴到控制台(Console)

  • 清空控制台 快捷键control+L