DAY3-白雪
微信公众号生信星球
Linux系统软件安装
miniconda
1,软件下载器,多数软件都可搜到
引用自微信公众号生信星球
miniconda 下载到服务器上
1 wget 空格加 下载网址 #下载minicoda
wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #enter
2 查看是否下载了
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ ls
Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3 安装
bash #命令处理器,执行要操作的命令
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Please, press ENTER to continue
出现这个代码按enter
之后会出现more,是还有更多,让enter翻页的意思,持续按enter,第一个enter下来是空白行,不要担心继续往下按
,直到出现
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
Please answer 'yes' or 'no':'
输入yes,继续enter然后就是该enter就enter,该yes就yes
4 激活
.bashrc 是home目录下的一个shell文件,用于储存用户的个性化设置。
source FileName是指在当前bash环境下读取并执行FileName中的命令。
每次修改.bashrc后,使用以下命令就可以立刻加载修改后的设置,使之生效。source ~/.bashrc
所以说激活过程也就是使其生效的过程
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$
命令行输入conda出现满屏的信息则证明成功
5添加镜像
为什么要添加镜像,
所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。
conda config #指conda的内核配置文件
--add channels xxxxx是指添加channels
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes #从channel中安装包时显示channel的url,这样就可以知道包的安装来源了
6 开始使用conda
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表
安装软件
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda install fastqc -y
是指conda 安装fastqc,-y是yes的意思过程中conda问的问题全部回答yes
默认安装最新版fastqc,也可以指定版本号
输入conda install fastqc=0.11.7 -y
确认fastqc是否安装成功
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ fastqc --help #查看fastqc的帮助文件,弹出很多证明安装成功
卸载软件,输入
conda remove fastqc -y
7 conda分身
生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?--别想了,办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda nvironment”。
- 先查看conda有哪些环境
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio02/miniconda3 #前面带*的就是默认的
比如我们要处理转录组数据了,好,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的,不是要你学python或者用它干什么。)
- 创建新环境 (base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 代码意思如上所示
- 再次查看conda环境
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio02/miniconda3
rna-seq /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq
- 激活新的环境rna-seq
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base /home/bio02/miniconda3
rna-seq * /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq
- 退出当前环境
(rna-seq) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda deactivate
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base /home/bio02/miniconda3
rna-seq /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq
复习
day3总结
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