生信学习小组Day 3-Linux环境下的软件安装
2023-02-25 18:27:24 时间
1.了解conda
- conda是一款方便快捷的软件下载器。作用就相当于App store,能搜到90%以上的软件,一键安装。而日常生信我们使用Miniconda即可。
学习Linux一定要抛弃图形界面的思维!Linux命令行中没有图形,没有窗口,没有双击,有的只是代码~可能一开始你会不习惯,心想打字怎么能比点鼠标还方便呢?这也很正常,我们都是从windows的图形界面过来的,因此这是第一道需要你跨越的鸿沟,要相信,用了Linux和R语言(后面花花会讲)处理数据,就再也回不去鼠标点点点的时代了。---微信公众号 生信星球
2.下载miniconda
- 百度/谷歌搜索“miniconda 清华”(conda的镜像网站)
- 查看自身Linux位数(输入命令
uname -a
) - 安装最新版本
- 复制下载链接地址
wegt 链接地址
即可下载
3.安装和配制miniconda
- 命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 按“Enter”或“yes”跳过
- 看到下图示意安装成功
4.激活conda(source ~/.bashrc
)
5.添加镜像(镜像网站就相当于主网站的副本,conda主体在国外,因而在国内下载速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。)
微信公众号 生信星球
4.使用miniconda(以fastqc为例)
- 查看安装的所有软件列表(输入命令
conda list
) - 安装软件fastqc(输入命令
conda install fastqc -y
) - 用命令
fastqc --help
确认软件是否安装成功 - 卸载软件(输入命令
conda remove fastqc -y
)
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