To See 奥密克戎

最近被奥密克戎刷屏了，想看下结构，结果发现，只有一张图片，没有相关的结构数据

1. 先从PDB库中获取，搜索关键词，Omicron PDB 官网：https://www.rcsb.org/ 检索结果，不是新冠的，李鬼

1. 然后使用GISAID查看，有结构，但是也是图片 https://www.gisaid.org/

1. 忽然想想数据都有的话，可以手动尝试一下。 我采用了两种方式进行操作，一种的PyMol上直接突变，另外一种是使用AF2进行序列预测

突变删除都存在的情况下，我们只是选择了排名靠前的那一种，例如：G142D/del 143-145，我们只是选择了G142D

感谢韩师姐给我提供的Omicron的spike序列

使用PyMOl进行展示

• omicron-mut突变的是使用PyMol手动进行的突变
• ranked_1是使用af2进行的预测

4. 使用ProteinImager进行优化作图显示

你可以在这个链接查看我的分享:https://3dproteinimaging.com/protein-imager/?projectId=mvNYjIztkcyIX5tcFgN6&isUserProject=1

• 粉色为突变氨基酸
• 橙色为ACE
• sphere的为浅绿色为突变的spike
• cartoon结构为其余的两条链

1. 分析

. 参考：

1. pymol:https://pymol.org/2/
2. AF2:https://www.deepmind.com/blog/article/AlphaFold-Using-AI-for-scientific-discovery
3. ProteinImager:https://3dproteinimaging.com/protein-imager/
4. SnapGene:https://www.snapgene.com/