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TBtools | 基因序列ID简化、重命名及添加前缀

2023-04-18 14:46:14 时间

你是否遇到过基因原始序列ID太长，包含太多不需要的信息，那么我们该如何对原始序列ID进行操作来加速我们的数据分析呢？

如果你有这方面的困扰，那么本期讲解的TBtools序列工具中的基因序列ID处理工具，相信一定会对你有所帮助。ID处理工具共包括ID Simplify、ID Rename和ID Prefix三部分。

进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。

演示文件

>ATCG00050.1 pacid=19637970 locus=ATCG00050 ID=ATCG00050.1.TAIR10 annot-version=TAIR10
ATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTGGTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCCTT
GCAATTGATGTTCGATACCGAAGAGAAGGAAGAGATCTTAGTAAGGTGGGTTTTTATGAT
CCCATAACTAATCAAACTTTTTTAAACCTTTCTGCTATTCTCGATTTTCTTAAAAAAGGA
GCTCAACCAACAAGAACAGCTCATGATATTTCAAAGAAGGCTGGGATTTTTACGGAATGA
>ATCG00065.1 pacid=19638004 locus=ATCG00065 ID=ATCG00065.1.TAIR10 annot-version=TAIR10
ATGCCAACCATTAAACAACTTATTAGAAATACAAGACAGCCAATCCGAAACGTCACGAAA
TCCCCAGCGCTTCGGGGATGCCCTCAGCGACGAGGAACATGTACTCGGGTGTAT
>ATCG00070.1 pacid=19637972 locus=ATCG00070 ID=ATCG00070.1.TAIR10 annot-version=TAIR10
ATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACT
TTTTTAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATG
CCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTT
CGATAA
>ATCG00080.1 pacid=19637976 locus=ATCG00080 ID=ATCG00080.1.TAIR10 annot-version=TAIR10
ATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATA
TTTGGATTCCTATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAA

功能介绍

1.ID Simplify（ID简化）

ID简化可以将原始序列ID的描述信息去掉从而实现简化。

输出结果：

>ATCG00050.1
ATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTGGTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCCTT
GCAATTGATGTTCGATACCGAAGAGAAGGAAGAGATCTTAGTAAGGTGGGTTTTTATGAT
CCCATAACTAATCAAACTTTTTTAAACCTTTCTGCTATTCTCGATTTTCTTAAAAAAGGA
GCTCAACCAACAAGAACAGCTCATGATATTTCAAAGAAGGCTGGGATTTTTACGGAATGA
>ATCG00065.1
ATGCCAACCATTAAACAACTTATTAGAAATACAAGACAGCCAATCCGAAACGTCACGAAA
TCCCCAGCGCTTCGGGGATGCCCTCAGCGACGAGGAACATGTACTCGGGTGTAT
>ATCG00070.1
ATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACT
TTTTTAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATG
CCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTT
CGATAA
>ATCG00080.1
ATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATA
TTTGGATTCCTATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAA

2.ID Rename（ID重命名）

我们对上一步简化后的ID进行重命名，具体步骤如下：

输出结果：

>New_id1
ATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTGGTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCCTT
GCAATTGATGTTCGATACCGAAGAGAAGGAAGAGATCTTAGTAAGGTGGGTTTTTATGAT
CCCATAACTAATCAAACTTTTTTAAACCTTTCTGCTATTCTCGATTTTCTTAAAAAAGGA
GCTCAACCAACAAGAACAGCTCATGATATTTCAAAGAAGGCTGGGATTTTTACGGAATGA
>New_id2
ATGCCAACCATTAAACAACTTATTAGAAATACAAGACAGCCAATCCGAAACGTCACGAAA
TCCCCAGCGCTTCGGGGATGCCCTCAGCGACGAGGAACATGTACTCGGGTGTAT
>New_id3
ATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACT
TTTTTAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATG
CCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTT
CGATAA
>New_id4
ATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATA
TTTGGATTCCTATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAA

3.ID Prefix（ID添加前缀）

ID prefix可以对序列ID添加需要的前缀信息，这里对上一步重命名后的ID增加前缀"Test-"。

输出结果：

>Test-New_id1
ATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTGGTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCCTT
GCAATTGATGTTCGATACCGAAGAGAAGGAAGAGATCTTAGTAAGGTGGGTTTTTATGAT
CCCATAACTAATCAAACTTTTTTAAACCTTTCTGCTATTCTCGATTTTCTTAAAAAAGGA
GCTCAACCAACAAGAACAGCTCATGATATTTCAAAGAAGGCTGGGATTTTTACGGAATGA
>Test-New_id2
ATGCCAACCATTAAACAACTTATTAGAAATACAAGACAGCCAATCCGAAACGTCACGAAA
TCCCCAGCGCTTCGGGGATGCCCTCAGCGACGAGGAACATGTACTCGGGTGTAT
>Test-New_id3
ATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACT
TTTTTAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATG
CCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTT
CGATAA
>Test-New_id4
ATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATA
TTTGGATTCCTATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAA

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