TBtools | 序列信息统计及序列操作

本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列信息统计及序列操作，包括Fasta Stats和Sequence Manipulate两部分。

进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。

为了更直观展的示结果，以下操作将用到我虚构的名为test.fasta的文件（如下图），大家在实际操作时换成自己需要的Fasta文件即可。

>contings-1
AGCAATTCCACCTTCGTAA
>contings-2
AAGTCACCAGGGGATGCAA
>contings-3
TCTGTTTCACACTCATCTT
TAAAGGTAGTTTCAATAAT
>contings-4
AGTGCCATTTCTTTAAATA
TCACTTTTTTATCTTCTCT
TTTAAAATTAACAACATTA
>contings-5
TAATAAGTCACAGTCATGC
ATTGCATTATTAGCTTCAT
AAGTTCCGTGCATTCCAAG
CATTCCTAAAAATTGATTA
TCATTTCCAGGATAAGCAC
CTAGGCCTTGTAAAGTTGA
>contings-6
GCATGTGCATGACCTTGGC
TTCCATAACCAAAAATTGC
TATTTTTTTACTTTTAATT
AAATCTACATCTGCATCTT
ATAAAACATTTTCATTTTT

1.Fasta Stats

该工具可获取Fasta序列的以下信息：

①Total_Len（序列总长）

②Total_Seq_Num（染色体数）

③Total_N _Counts（未测通的碱基数）

④Total_LowCase_Counts（重复序列的标志）

⑤Total_GC_content（GC含量）

⑥Minimum Len（最小序列长度）

⑦Maximum Len（最大序列长度）

⑧Mean Len（平均序列长度）

⑨Median Len（序列中位数长度）

⑩N50

具体操作，如下图所示：

2.Sequence Manipulate

该工具可以对序列进行以下操作（可勾选多个组合使用）：

Reverse（反向）

Complement（互补）

RNA（序列对应的RNA序列）

UpperCase（大写）

LowerCase（小写）

其他可选项：

Only IDs（只显示序列ID）

Only Seqs（只显示序列信息）

Seq in one Line（序列显示在一行）

Bases per Line（每一行的碱基数，设置需要取消勾选[Seq in one Line]）

具体操作，如下图所示：