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KEGG批量注释

2023-04-18 12:29:16 时间

pip安装：

（1）出现的问题网址：https://www.cnblogs.com/saolv/p/6963314.html

（2）安装：

    sudo yum -y install epel-release
    sudo yum -y install python-pip

PySQLite 的安装：

（1） 出现的问题error: command ‘gcc’ failed with exit status 1；

解决方案如下

（参考网址：https://blog.csdn.net/u010445516/article/details/76850704）；

yum install libsqlite3x.x86_64 #使用命令yum search sqlite3进行搜索，然后选择libsqlite3x.x86_64并安装
yum install libsqlite3x-devel  #使用命令yum search sqlite3进行搜索，然后选择libsqlite3x-devel并安装
sudo pip install PySQLite

NCBIblast 的安装:

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
echo 'export PATH=/root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin:$PATH' >> ~/.bashrc 
source ~/.bashrc

KOBAS 安装：

出现的问题：

（1）如果rpy2报错，直接重装rpy2，命令：pip install rpy2==2.7.8

  1. download kobas (http://kobas.cbi.pku.edu.cn/help.do)

kobas-3.0.3.tar.gz、organism.db.gz、ko.db.gz、ko.pep.fasta.gz

  1. R ，qvalue的安装
  1. python 相关模块安装
sudo pip install rpy2==2.7.8 #支持python2，
sudo pip install BioPython  
sudo pip install PySQLite
  1. blast (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/)
  • ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz
echo 'export PATH=/root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
  1. install kobas
tar -zxvf kobas-3.0.3.tar.gz 
cd kobas-3.0/
  1. 将压缩包 organism.db.gz 和 ko.db.gz 拷贝到 sqlite3文件夹下
gzip -d organism.db.gz
gzip -d ko.db.gz
  1. 将压缩包ko.pep.fasta.gz拷贝到seq_pep文件夹下
gzip -d ko.pep.fasta.gz
  1. 将KOBAS软件的执行脚本添加到 ~/.bashrc
echo 'export PATH=$PATH:/root/biosoft/kegg/kobas-3.0/scripts' >>~/.bashrc
  1. 安装KOBAS相应的模块到python中，注意：不是kobas-3.0/src/kobas目录
echo 'export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/root/biosoft/kegg/kobas-3.0/src' >> ~/.bashrc
  1. 修改kobasrc中的kobas_home和blast_home
kobas_home = /root/biosoft/kegg/kobas-3.0
blast_home = /root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin
cp kobasrc ~/.kobasrc  #将kobasrc文件拷贝到~/.kobasrc目录下

6 KOBAS 的使用

若出现如下类似的问题：

unable to load shared object /xxxx/xxx/R-install/lib64/R/library/stats/libs/stats.soundefined libRlapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory

则解决方案为：

export R_HOME=/usr/local/lib64/R/   #设置R的工作目录
export LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH} #设置动态库的查找路径

使用命令 （加粗部分为自己要填写的内容）：

annotate.py -i all_genomic_gene.fasta -s ko -t fasta:nuc -o

all_genomic_geneGene.ann -n 4

annotate.py -i diff_gene.fasta -s ko -t fasta:nuc -o diff_gene.ann

-n 4

identify.py -f diff_gene.ann -b all_genomic_gene.ann -d K -o

kegg.result.xls

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