ImmuCellAI | 免疫浸润计算工具

在利用 RNA-seq 数据来进行免疫浸润计算方面，已经有很多的算法可以进行分析，我们在 [[免疫算法原理]] 当中也进行了总结。另外如果是想要分析 TCGA 的免疫浸润情况的话，也可以使用 [[TIMER2 TCGA-免疫浸润评估数据库]] 以及 [[GEPIA2021-TCGA免疫细胞分析数据库]]。同时如果想要查询老鼠相关的免疫浸润情况的话，也可以使用 [[TISMO-老鼠免疫浸润评价数据库]]。

对于以上数据库而言，都只能查询已经分析好的数据。如果我们自己有一个数据，想要看一下免疫浸润情况的话。那就没办法使用上面这些数据库了。所以今天就给大家介绍两个用来评价老鼠和人免疫浸润情况。 ImmuCellAI_mouse: http://bioinfo.life.hust.edu.cn/ImmuCellAI-mouse/#!/ 以及 ImmuCellAI: http://bioinfo.life.hust.edu.cn/ImmuCellAI/#!/

由于两个数据库主要区别在于分析的物种不同，所以我们就以 ImmuCellAI 进行说明

数据类型及算法

由于是在线分析工具，所以就需要上传原始数据。在数据上传上，ImmuCellAI 支持 RNA-seq 和芯片 两个数据的上传。同时需要注意的是上传的的数据需要是 log2 (TPM/FPKM/芯片表达数据 + 1 ) 的格式来上传数据。而文件的形式为 txt

另外文件的格式要求==第一列必须是基因名==，同时如果想直接分析免疫细胞差异的话，==分组信息位于第二行==

对于免疫细胞的评价的算法，ImmuCellAI 主要是通过ssGSEA 的算法来进行免疫细胞计算的。这类的算法主要是通过每一个免疫细胞特征基因的表达来进行免疫浸润评分的。默认的 ImmuCellAI 是以这些基因作为每个免疫细胞的 marker 基因的。

如果觉得自己有其他特征性的 marker 基因。同时也可以上传自己的特征基因来进行分析。而如果要进行自定义上传的话，就需要上传csv格式。

工具使用

使用步骤

在 ImmuCellAI 当中直接点击 Analysis 就可以上传数据进行分析了。如果有自己的 marker 基因那就在下面的Self-bulid里面上传。如果没有的话，就直接上传即可。

除了要计算免疫细胞评分，如果还想观察免疫细胞在不同分组的区别以及和免疫检查点封锁（Immune checkpoint blockade, ICB）的关系。可以进行额外的勾选。

在选择好之后就点击Start Analysis 即可。

结果呈现

在经过分析等待之后，就可以得到结果了。首先是各个免疫细胞的得分情况。结果是以表格的形式进行呈现的。可以直接下载原始表格

其次是免疫细胞在不同分组之间是否有差异，这里是通过图和表的形式来呈现的。

最后可以观察各个样本和对于 ICB 是否有反应。

总的来说

以上就是这两个工具使用过程的，区别还是在物种的不同。另外物种不同之后，其免疫细胞的 Maker 基因也就不同了。具体每个免疫细胞对应什么基因，可以后台回复ImmuCellAI。

同时如果是分析 TCGA 的数据的话，ImmuCellAI 里面也分析好了。直接查看即可。