CancerSCEM | 肿瘤单细胞表达分析数据库

在研究一个基因之前，首先还是要了解这个基因的基础表达情况的。在之前的一些推送当中，我们介绍过一些关于基因表达情况查询的数据库

[[GEDS-基因表达可视化工具]] [[TCPA TCGA-蛋白表达数据库]] [[GEPIA2-TCGA表达分析数据库]]

之前的一些数据主要是基于 bulk RNA-seq 来进行分析的。目前随着单细胞测序的数据越来越多，也就允许我们可以在单细胞的水平上关系基因的表达情况了。所以也就有了 CancerSCEM : https://ngdc.cncb.ac.cn/cancerscem/index

背景数据集

CancerSCEM 是一个基于肿瘤单细胞测序数据来分析基因表达情况的数据库。作者收录了多个公共数据库：GEO, ArrayExpress, EBM, GSA, ZENODO 多个公共测序数据存放数据库的数据。最终获得了 20 种人类癌症类型的 208 个样本。

对于收集到的单细胞测序的数据都按照常规的分析流程来进行分析。

最终就得到了 CancerSCEM 这个数据库。

数据库使用

目标测序数据检索

在 CancerSCEM 当中我们首先可以检索目前这个数据库当中有哪些数据集。通过检测可以了解每一个数据集的基本信息。

同时可以点击Analysis 来了解每一个数据集分析的具体情况。

在 CancerSCEM 当中提供了这个数据集的所有单细胞数据的基本分析结果

具体项目检索

另外如果我们有具体的想要分析的基因的话可以在Search当中进行检索。

通过检索，就可以知道这个基因在不同肿瘤当中单细胞测序的基本表达情况

在线分析

同时由于是单细胞测序，所以就会对细胞进行分群。我们同样也可以分析在不同的细胞类型当中某一个基因的表达情况

可以比较某一个基因在不同细胞当中的表达水平

同样也可以知道某一个基因在单细胞水平中和哪些基因存在相互作用关系。

总的来说

以上就是这个数据库基本使用方法了。相当于作者对很多公共的单细胞测序数据都进行了分析。如果有自己想要研究的肿瘤的话，同时需要单细胞测序数据的话，可以来这里检索一下。说不准已经有分析好的了。直接查询即可了。

扩展阅读

[[单细胞测序是个什么东东]] [[GRNs-基于单细胞测序的转录因子调控网络预测数据库]] [[sc2disease-疾病相关单细胞数据库]]